Les transposons de Fusarium oxysporum : de nouveaux outils pour l'analyse fonctionnelle des génomes de champignons

par Hala Abd El Wahab

Thèse de doctorat en Sciences biologiques

Sous la direction de Monique Bolotin-Fukuhara.

    mots clés mots clés


  • Résumé

    Différents transposons sont actifs chez le champignon phytopathogène Fusarium oxysporum. Parmi ceux-ci, le transposon à ADN impala (Tc1-mariner) a été utilisé en mutagenèse insertionnelle chez plusieurs champignons ascomycètes. Bien que d'utilisation facile, impala présente toutefois l'inconvénient de s'insérer peu fréquemment à proximité des gènes. Pour développer une approche d'étiquetage par transposon, efficace et à grande échelle, pour l'étiquetage de gènes fongiques, deux outils ont été mis en place au cours de ce travail : le premier a consisté à modifier l'élément impala pour élaborer des constructions de type pièges à gènes (ou " gene-trap ") utilisant le gène GFP comme gène rapporteur et le second a eu pour objectif d'exploiter un élément défectif de type MITE (Miniature Inverted-Repeat Transposable Element), dans le cadre d'un système à deux composantes. Le développement des constructions " gene-trap " s'est avéré peu fructueux : cette version modifiée du transposon est bien mobilisable mais peu de révertants ont montré une expression stable du gène rapporteur. Le second volet de ce travail a porté sur l'étude de la transposition d'un élément défectif de type MITE, mimp1, possédant des séquences terminales inversées répétées communes avec l'élément autonome impala. Les résultats obtenus ont montré que mimp1 est mobilisable par la transposase de l'élément autonome impala selon des propriétés très similaires à celles d'impala, établissant, pour la première fois, une corrélation fonctionnelle entre un élément autonome de classe II et un MITE. Une analyse de quelques sites de réinsertion montre une tendance de mimp1 à s'insérer dans des régions géniques.

  • Titre traduit

    The transposeons of Fusarium oxysporum : new tools for functional analysis of fungal genome


  • Résumé

    Several active transposons have been identified in the genome of the plant pathogenic fungus Fusarium oxysporum. Among them, impala, a DNA transposon belonging to the Tc1-mariner superfamily has been used for transposon-tagging in different ascomycete species. Its easy use is however hampered by its poor propensity to insert in genic regions. In order to develop a high throughput transposon-based insertional mutagenesis strategy for efficient gene-tagging in fungi, two systems have been studied during this work. The first one consist in gene trap vectors based on the impala element, using GFP as a reporter gene. The second tool aimed at the characterization of a MITE (Miniature Inverted-Repeat Transposable Element) defective element, in a double component system. The development of two different “gene trap” constructs was poorly successful. Indeed, even if the results showed that both constructs could be mobilized by the impala transposase, very few revertants showed a stable expression of the reporter gene GFP. None of these constructs has been fully validated for the detection of insertions into or near genes. The second part of this work constisted in the study of a MITE defective element, mimp1. Based on the similarity of TIRs and target site preference with the autonomous Tc1-like element impala the ability of mimp1 to jump upon expression of the impala transposase provided in trans was investigated. Under these conditions, we present evidence that mimp1 transposes by a cut-an-paste mechanism into TA dinucleotides which are duplicated upon insertion. Our results also show that mimp1 reinserts very frequently, in genic regions for at least one third of the cases.

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Informations

  • Détails : 1 vol., 159 f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 133-144

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  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 0g ORSAY(2006)101
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