Interprétations biologiques de données issues de puces à ADN : outils et analyses bioinformatiques

par Audrey Kauffmann

Thèse de doctorat en Bio-informatique

Sous la direction de Philippe Dessen.

Soutenue en 2006

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Biological interpretation of microarray data : bioinformatics tools and analysis


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    De nombreuses méthodes variées permettent d'analyser les puces à ADN. L'utilisation préférentielle de l'une ou l'autre des méthodes dépend en grande partie de l'objectif attendu. Ce travail décrit dans un premier temps deux études illustrant des cas où les puces à ADN sont un outil exploratoire performant ayant permis, par des analyses basiques mais adaptées, de découvrir des pistes validées au cours d'expériences complémentaires. Ensuite, ce travail décrit la mise au point d'une nouvelle méthode d'analyse ne permettant pas de mettre en évidence les gènes d'intérêt mais les fonctions d'intérêt dans un modèle étudié par puces à ADN, SBIME (Searching for a Biological Interprétation from Microarray Experiments). En utilisant SBIME, nous avons mis en évidence l'importance des voies d'oxydo-réduction dans la résistance au docetaxel de certains cancers du sein. Par ailleurs, cet outil a contribué à souligner le rôle majeur du cytosquelette d'actine dans les mécanismes de résistance des cellules tumorales aux lymphocytes T. Notre nouvelle méthode a également été utile pour la compréhension des différences entre trois classes de neuroblastome. Enfin, SBIME a permis de mettre en évidence l'importance des mécanismes de réparation et de réplication de l'ADN dans la rechute métastatique du mélanome. Pour finir, nous présentons deux études approfondies pour lesquelles l'utilisation de notre outil n'était pas adaptée. La première étude a établi les liens entre la polyploïdisation et la différenciation des mégacaryocytes. La deuxième étude a permis de mettre en exergue des liens remarquables entre la sélection thymique et l'apoptose neuronale.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (296 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 219 Réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2006) 114
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