Recherche de contraintes structurales pour la modélisation ab initio du repliement protéique

par Guillaume Fourty

Thèse de doctorat en Analyse de génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Jean-Paul Mornon.

Soutenue en 2006

à Paris 7 .

  • Titre traduit

    Structural constraints for ab inito prediction of protein structures


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    La compréhension du processus de repliement protéique et la détermination de la structure tridimensionnelle à partir de la seule information de séquence sont des problématiques majeures de la biologie structurale. Nous observons, tout d'abord, la proximité quasi-systématique des extrémités N- et C-terminales des domaines protéiques qui pourrait être liée aux premières étapes du repliement. Puis, nous abordons le repliement de polymères sur des réseaux réguliers. L'énumération des orbites et des orbites cycliques hamiltoniennes sur des réseaux carrés n x n permet d'évaluer la réduction de l'espace conformationnel associée à la proximité des extrémités des chaînes. L'exploration exhaustive de ces structures de compacité maximale fournit une limite énergétique pour les algorithmes de recherche de minima pour des séquences HP. Enfin, nous étudions des alignements multiples à faible identité de séquence et nous introduisons une mesure de la conservation de l'hydrophobie, que nous appelons topohydrophobie généralisée. A l'aide d'arbres de décision, nous prédisons des caractéristiques structurales telles que la position Central/Bord des brins becta dans les feuillets et l'accessibilité au solvant (RAPT - Relative Accessibility Prédiction Tool). Ces informations peuvent être intégrées dans des approches de prédiction ab initio du repliement protéique.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (257 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 192 Réf.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Paris Diderot - Paris 7. Service commun de la documentation. Bibliothèque Universitaire des Grands Moulins.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : TS (2006) 101
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