Exploration des caractéristiques tridimensionnelles des amas protéiques hydrophobes issus du formalisme "Hydrophobic Cluster Analysis" (HCA) : modélisation de formes oligomériques solubles du peptide Aβ impliqué dans la maladie d'Alzheimer, et identification d'un 'point chaud" commun à différentes protéines amyloïdes

par Fabienne Dulin

Thèse de doctorat en Analyse des génomes et modélisation moléculaire

Sous la direction de Isabelle Callebaut et de Nathalie Colloc'h.

Soutenue en 2006

à Paris 6 .


  • Résumé

    Nous avons d’abord exploré les caractéristiques 3D des amas d’acides aminés hydrophobes issus de la méthode "Hydrophobic Cluster Analysis" (HCA), au travers d’une représentation originale en tesselation de Voronoï. Chaque amas peut être ainsi caractérisé dans ses conformations  ou  et ses affinités préférentielles pour d’autres amas peuvent être décrites. Le repliement protéique peut alors être décrit comme l’assemblage de ces amas HCA 3D. Nous avons ensuite construit, en utilisant des outils d’alignement tels que HCA, des modèles 3D des formes oligomériques solubles du peptide A. Ce peptide, impliqués dans la maladie d’Alzheimer, serait neurotoxique sous cette forme soluble. Ce travail nous a permis de proposer une hypothèse expliquant le comportement différencié de p3, sans la région N-terminale d’A. Enfin, nous avons pu mettre en évidence la présence d’un ou plusieurs "points chauds" communs aux protéines amyloïdes, pouvant être à l’origine de leur propriété à former des fibres.

  • Titre traduit

    Insights into the three-dimensional characteristics of HCA hydrophobic clusters in the context of protein folding : sequence based modeling of Aβ soluble oligomers and identification of a common "hot point" in different amyloid proteins


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Informations

  • Détails : 1 vol. ( 288-27p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 226-242

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : T Paris 6 2006 465
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