Prédiction du pronostic des cancers coliques non métastatiques par les profils d'expression génique

par Alain Barrier

Thèse de doctorat en Santé publique

Sous la direction de Antoine Flahault.

Soutenue en 2006

à Paris 6 .


  • Résumé

    Le but de ce travail était d’évaluer les possibilités d’utiliser les profils d’expression génique fournis par les puces à ADN pour prédire le pronostic des malades opérés d’un cancer du côlon de stade II. Quatre études, incluant des prélèvements (tissu tumoral, muqueuse colique saine) effectués chez des malades opérés d’un cancer du côlon, ont été réalisées. L’hybridation était réalisée sur des oligochips Affymetrix HGU133A. Les méthodes d’analyse incluaient la construction d’un prédicteur pronostique (gènes informatifs sélectionnés selon leur t-statistics, méthode de classification : technique des plus proches voisins ou analyse diagonale linéaire discriminante) puis l’estimation de ses performances par une procédure de validation croisée (leave-one-out, 3-fold, Monte Carlo). Les deux premières études suggèrent la possibilité d’utiliser les profils d’expression génique de la tumeur, mais aussi ceux de la muqueuse adjacente, pour prédire le pronostic des malades opérés d’un cancer du côlon non métastatique. Ce résultat est confirmé, pour les malades opérés d’un stade II, par les deux autres études : un prédicteur pronostique de 30 gènes, construit à partir de la tumeur, est associé à une exactitude de 76,3%, une sensibilité de 85,1% et une spécificité de 67,5%); un prédicteur pronostique de 70 gènes, construit à partir de la muqueuse saine, est associé à une exactitude de 81,8%, une sensibilité de 73,0% et une spécificité de 87,1%. La prédiction du pronostic des malades opérés d’un cancer du côlon de stade II par l’analyse du transcriptome paraît possible. Cela pourrait permettre de guider les indications de chimiothérapie adjuvante. Néanmoins, plusieurs étapes restent à franchir avant une éventuelle utilisation en pratique clinique courante.

  • Titre traduit

    Non metastatic colon cancer prognosis prediction by gene expression profiling


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Informations

  • Détails : 1 vol. ( 117 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr.f.100-117

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
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  • Cote : T Paris 6 2006 440
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