Recherche de descripteurs spécifiques d'interactions protéine-protéine et protéine-ligand

par Vincent Benoît

Thèse de doctorat en Biophysique moléculaire

Sous la direction de Hervé Delacroix.

Soutenue en 2006

à Paris 6 .


  • Résumé

    La compréhension des déterminants de l’interaction spécifique protéine-protéine et protéine-ligand est d’un grand intérêt à la fois pour la recherche fondamentale et appliquée. La majeure partie de ce travail concerne donc la caractérisation des interfaces protéine-protéine. Il est important de noter que les fichiers de structure PDB ne contiennent pas les informations qui pourraient permettre de constituer des jeux de données de complexes protéine-protéine fiables. De plus les interfaces impliquant des symétries cristallographiques ne sont pas directement accessibles. C’est pourquoi nous avons jugé intéressant de mettre en place une base de données donnant accès à la fois aux interfaces protéine-protéine fonctionnelles et cristallographiques. Un outil flexible et rapide a donc été crée à l’aide de références à de multiples bases de données et en calculant l’ensemble des interfaces à l’intérieur d’un cristal. Par ailleurs les methodes de docking nous ont permis d’étudier les intéractions protéine-ligand. L’institut Curie à Orsay nous a ainsi, à travers une collaboration, fourni les structures d’inhibiteurs validés de l’interaction de la protéine Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) avec la polymérase delta. Outre le fait de générer des structures potentielles de complexes PCNA-inhibiteur nous avons aussi étudié les sites de fixation des inhibiteurs validés relativement à des structures validées comme non inhibitrices.

  • Titre traduit

    Determinants of specific recognition in protein-protein and protein-ligand interactions


  • Résumé

    Understanding the determinants of specific protein-protein and protein-ligand interactions is of great interest for both fundamental as well as applied research. The major part of this work concerned protein-protein interfaces characterization. Noteworthy is that information for generating reliable protein-protein complex datasets is not directly accessible from PDB structures. Also, interfaces involving crystallographic symmetric chains are not directly reachable. Thus creating a database giving access to multiple protein-protein and crystallographic interfaces was found to be worthwhile. Cross referencing multiple databases as well as computing all possible interfaces inside a crystal allowed us to create a fast and flexible tool. Moreover we used docking tools to investigate protein-ligand interactions. Structures of validated inhibitors of Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) polymerase delta interaction were given to us through collaboration with the Curie Institute at Orsay. Apart from generating putative structures of PCNA-inhibitors complexes we investigated docking sites locations of validated inhibitors versus putative locations of non inhibitor ones.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (193 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. [186]-[193]

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  • Bibliothèque : Université Pierre et Marie Curie. Bibliothèque Universitaire Pierre et Marie Curie. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : T Paris 6 2006 235
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