Evaluation du risque fongique en zones conchylicoles : substances toxiques de souches marines du genre Trichoderma

par Mustapha Mohamed-Benkada

Thèse de doctorat en Pharmacie. Mycologie marine

Sous la direction de Monique Montagu et de Jean-François Biard.


  • Résumé

    Ce travail est consacré à l'étude chimique des peptaïbols sécrétés par des souches de Trichoderma endémiques des zones conchylicoles de Loire-Atlantique. La stratégie adoptée a permis de réaliser : Un échantillonnage, à partir de la mycothèque du SMAB (Substances Marines à Activité Biologique), de souches de Trichoderma productrices de peptaïbols dans l'estuaire de la Loire. Neuf souches représentatives ont été sélectionnées. En fonction de leurs contenus en peptaïbols, elles ont été réparties en 4 ensembles, puis une " souche représentative " de chaque ensemble a été choisie pour la suite du travail. Une optimisation des protocoles nécessaires à la production in vitro des peptaïbols. La mise au point d'un mode de fermentation sur milieu gélosé a permis d'augmenter le rendement de cette biosynthèse. Une optimisation des conditions de purification des peptaïbols. Des protocoles simplifiés de pré-purification, de purification par chromatographie en phase liquide (CLHP) ont permis la préparation d'échantillons analysable par spectrométrie de masse. Une identification structurale des peptaïbols produits, grâce au séquençage par spectrométrie de masse, l'ionisation étant réalisée par électronébulisation ou electrospay (ESI) et l'analyseur étant constitué par une trappe d'ions permettant une analyse SMn. Cette analyse a pu être conduite sur des mélanges de peptaïbols de structure très proche (phénomène de microhétérogénéité). Une analyse par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS-EI) a permis de préciser la nature des acides aminés (AA) de même masse (Valine ou Isovaline ; Leucine ou Isoleucine). Pour les quatre souches de Trichoderma étudiées, 30 peptaïbols ont été mis en évidence dont 24 sont de nouvelles molécules. Ils appartiennent à 5 familles de peptaïbols déjà décrites : les trichokonines, les trichosporines, les hypomurocines, les trichorovines et les suzukacillines. Vingt et un sont à longue séquence (18 à 20 AA) dont 16 sont nouveaux. Neuf sont à courte séquence (11 AA) dont 8 présentent des structures assez originales pour nous permettre de proposer une nouvelle famille, celle des trichobrachines.

  • Titre traduit

    Evaluation of the fungal risk in shellfish farming areas: toxic substances from Trichoderma sp. Marine strain


  • Résumé

    This work is devoted to the chemical study of peptaïbols produced by endemic Trichoderma strains in the Loire-Atlantique shellfish farming areas. The adopted strategy made possible to realize: A sampling from the marine fungal collection of SMAB (Substances Marines à Activité Biologique) of Trichoderma strains with peptaibols production in the Loire estuary. Nine representative strains were selected. According to their peptaïbols production, they were divided into 4 sets; a "representative strain" of each set was then selected for next steps. The optimization of the used methods for the peptaïbols in vitro production. The development of a fermentation mode on agar medium increases the biosynthesis output. An optimization of the peptaibol purification conditions. Simplified methods of pre-purification and purification by high performance liquid chromatography (HPLC) allowed the preparation of analysable samples by mass spectrometry. The structural identification of the produced peptaibols by use of mass spectrometry sequencing; electro spray ionisation mode (ESI) and ion trap analyser allowing MSn analysis. The latter make possible the identification of peptaïbols with very similar structures (due to the peptaibols microheterogeneity phenomenon). The use of coupled gas chromatography to mass spectrometry (GC-MS-IE) allows the differentiation of the amino acids (AA) of the same mass (Valine or Isovaline; Leucine or Isoleucine). Thirty peptaibols produced by the four studied Trichoderma strains were identified. 24 of which, are new molecules and belong to 5 already described families: trichokonines, trichosporines, hypomurocines, trichorovines and suzukacillines. 21 are long sequences peptaïbols (18 to 20 AA) including 16 new structures. Among the 9 remaining peptaïbols with short sequence (11 AA), 8 have enough original structures to enabling us to propose a new peptaibol family: the trichobrachine's.

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Informations

  • Détails : 2 vol. (140-[5],78 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. 120-139 f.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Nantes. Service commun de la documentation. BU Santé.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 06 NANT 07-VS (1)
  • Bibliothèque : Université de Nantes. Service commun de la documentation. BU Santé.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 06 NANT 07-VS (2)
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 7400
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