Diversité et dynamique des communautés de nématodes phytoparasites en culture de canne à sucre en Afrique du Sud : répercussion sur la plante

par Shaun David Berry

Thèse de doctorat en Biologie des populations et écologie

Sous la direction de Patrice Cadet, Mireille Fargette et de Serge Morand.

Soutenue en 2006

à Montpellier 2 .


  • Résumé

    Une étude de la répartition des espèces de nématodes présentes actuellement sur canne à sucre a révélé que cinq espèces ou genres étaient dominants: Helicotylenchus dihystera, Meloidogyne javanica, Pratylenchus zaea, Paratrichodorus spp. Et Xiphinema spp. . Les proportions relatives des espèces qui constituent cette communauté déterminent l’importance des dégâts. En pot, l’inoculation de Helicotylenchus dihystera a été suivie d’une augmentation de la biomasse aérienne de la canne. Dans un essai au champ, la reproduction des pratiques culturales de récolte employée au Burkina Faso a été suivie d’un accroissement de la proportion relative de Helicotylenchus dihystera et une diminution de celle de Xiphinema elongatum. Mais, l’augmentation du rendement n’a pas été significative. Quant à la technique de récolte employée en Australie, elle conduit aussi à un léger accroissement du rendement, mais qui ne peut pas être expliqué par un impact sur les nématodes. Des techniques moléculaires ont été employées pour identifier les nématodes. Les quantités d’acide nucléiques extraits des espèces de nématodes se sont révélées significativement différentes. L’utilisation de différences dans la taille du ADN résultant de l’amplification de la région ITS1 pour l’identification des espèces n’a pas donné les résultats escomptés et ne peut être utilisé que pour un diagnostique grossier. L’étude de la diversité génétique de cette région a permis d’appréhender les relations phylogénétiques entre espèces. Des différences dans la composition en nucléotides peuvent être exploitées pour développer des amorces spécifiques des différentes espèces utilisables pour des diagnostiques en PCR classique ou quantitative

  • Titre traduit

    Diversity and dynamics of plant parasitic nematode communities of sugarcane in South Africa : repercussion to the crop


  • Résumé

    A study of the diversity of the species of nematodes associated with sugarcane showed that five species or genera are dominant: Helicotylenchus dihystera, Meloidogyne javanica, Pratylenchus zeae, Paratrichodorus spp. And Xiphinema spp. . The relative proportions of the species constituting the community determine the extent of damage to the crop. In pots, inoculation with Helicotylenchus dihystera resulted in an increase in the aboveground biomass of the cane. In a field trial, the reproduction of cultural practices as used in Burkina Faso was accompanied with an increase in the relative proportion of Helicotylenchus dihystera and a decrease in the proportion of Xiphinema elongatum. But the associated increase in yield was not significant. Mimicking the cultural techniques employed in Australia also led to a slight increase in yield but this was not as a result of the change in nematode communities. For studying diverse communities, newer molecular biological methods were employed. Significant differences in the amount of nucleic acid extracted from different species were found. Using differences in ITS1 amplification product size for identifying and discriminating between species was successful to a point, however only as a crude diagnostic method. Examining the genetic diversity of this gene region within sugarcane nematode specimens enabled phylogenetic relationships between species, and genera, to be investigated. Differences in nucleotide composition could be utilized to develop species-specific diagnostic primers for use in conventional and real-time, quantitative PCR testing

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Informations

  • Détails : 1 vol. (216 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 196-216. Annexes

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  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS 2006.MON-221
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