Contribution de l'épidémiologie génétique à l'étude de la transmission de Mycobacterium tuberculosis au Burkina Faso, à Djibouti et dans la région de Montpellier

par Sylvain Godreuil

Thèse de doctorat en Biologie - Santé. Bactériologie, virologie, hygiène hospitalière

Sous la direction de Anne-Laure Bañuls et de Philippe Van De Perre.


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  • Résumé

    La tuberculose est une maladie infectieuse et contagieuse, dont l'agent pathogène principal est l'espèce Mycobacterium tuberculosis. Cette thèse a pour objectif principal d'étudier la tuberculose par une approche d'épidémiologie génétique dans deux pays à forte incidence, Djibouti et le Burkina Faso, et une zone à faible incidence, Montpellier et sa région. Ce travail permet de mieux comprendre la propagation de cette maladie infectieuse dans ces régions et de donner des informations indispensables pour les services de santé publique. Pour chacune de ces régions, ce sont les premières études du genre et cette thèse représente donc un travail original et informatif. Les objectifs spécifiques sont : (i) d'étudier la diversité génétique, les relations phylogénétiques entre les souches et la structure des populations de M. Tuberculosis dans ces trois zones ; (ii) de comprendre la dynamique de transmission de la tuberculose dans ces trois régions ; (iii) de tenter d'identifier des facteurs de risque impliqués dans la transmission de la tuberculose ; (iv) enfin par une approche globale de comparer les résultats obtenus pour ces trois régions et de les confronter avec les données de la littérature. Les isolats ont été prélevés par les services de santé publique de chacun des pays concernés et ont été cultivés et/ou stockés au laboratoire de bactériologie du CHU de Montpellier (un total de 320 souches). La caractérisation génétique des échantillons est réalisée par 2 marqueurs moléculaires complémentaires reconnus pour le génotypage de M. Tuberculosis : le spoligotypage et les MIRU-VNTR (Mycobacterial Interspersed Repetitive Unit Variable Number of Tandem Repeats). La caractérisation génétique a permis d'identifier 247 souches comme appartenant à des familles déjà décrites dans la littérature et 73 souches présentant des nouveaux génotypes. Une grande hétérogénéité génétique observée dans l'échantillon de Montpellier reflète le niveau endémique et le bon contrôle de cette maladie dans cette région de faible incidence (6,6 cas pour 100000 habitants). Cette étude permet d'identifier que la majorité des cas sont dus à des réactivations endogènes. Néanmoins, les données mettent en évidence des cas de transmission récente familiale et des cas de tuberculose importés. Au Burkina Faso, pays présentant une incidence élevée (163 cas pour 100000 habitants), les points importants sont : un faible nombre de cas résistants aux antituberculeux et non impliqués dans les cas de transmission récente ; une diversité génotypique relativement élevée reflétant l'existence d'une prise en charge de la maladie ; l'infection par le VIH ne constitue pas un facteur de risque de transmission récente malgré une incidence du VIH élevée ; on observe l'émergence de la famille LAM10 déjà décrite au Cameroun appelée famille Cameroun. Cette famille est responsable de la majorité des nouveaux cas de tuberculose au Burkina Faso. A Djibouti, pays présentant la plus forte incidence de tuberculose au niveau mondial (733 cas pour 100000 habitants), on observe une structuration remarquable de la population de M. Tuberculosis en 3 lignées bien individualisées, proches des familles EAI, T et CAS. La diversité génétique observée dans ce pays apparaît élevée en dépit d'un taux de transmission récente important. Ceci suggère l'ancienneté de ces lignées dans ce pays en accord avec les données de la littérature. Les études génétiques apportent non seulement des informations fondamentales pour l'épidémiologie de la tuberculose mais également sur la structure des populations, base indispensable pour appréhender la lutte et le contrôle d'un organisme pathogène. La comparaison des données obtenues dans ces trois pays d'incidences différentes et la mise en regard avec les données de la littérature permettent d'identifier des profils épidémiologiques et génétiques observés classiquement pour cette maladie infectieuse, mais également des caractéristiques spécifiques à chacun des pays d'étude. En conclusion, ces études réalisées à un niveau local mais également abordées d'un point de vue global permettent de définir quelles sont pour chacune des zones d'études les perspectives de recherche et les stratégies à développer pour le contrôle de la tuberculose.

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  • Détails : 1 vol. (162 f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 152-162

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  • Cote : TU 2006.MON-5
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