Analyse bioinformatique des sites d'intéractions protéine-protéine et prédictions épitopiques

par Violaine Moreau

Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé. Chimie et biologie de la santé. Sciences pharmaceutiques et biologique

Sous la direction de Claude Granier et de Franck Molina.


  • Résumé

    Pour mieux comprendre les interactions protéine-protéine, deux outils bioinformatiques dédiés à la prédiction d'épitopes ont été conçus. Le premier, MIMOP, localise l'épitope par analyse de la séquence de mimotopes sélectionnés par l'anticorps (Ac) reconnaissant l'antigène (Ag). MIMOP propose deux approches : l'une recherche des similarités de séquences entre Ag et mimotopes, l'autre recherche sur l'Ag des résidus clés identifiés dans les séquences des mimotopes. Le deuxième outil, PEPOP, prédit des séquences peptidiques à partir de la structure 3D de l'Ag. Ces peptides permettent soit de localiser l'épitope (peptides antigéniques) soit d'obtenir des Acs ciblant une zone spécifique de l'Ag (peptides immunogéniques). Les différentes méthodes de conception des peptides sont basées sur l'identification de segments à la surface de l'Ag et leurs distances spatiales. La performance des deux outils a été validée par comparaison des prédictions avec des données expérimentales.

  • Titre traduit

    Bioinformatic analyses of protein-protein interaction sites and epitope prediction


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Informations

  • Détails : 1 vol. (277 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliographie f. 274-277

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  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire. Section Pharmacie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TP 2006.MON-15
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 7242
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