Expression des gènes de microorganismes eucaryotes dans les sols : de l'individu au métagénome

par Julie Bailly

Thèse de doctorat en Écologie microbienne

Sous la direction de Jean-Claude Debaud.

Soutenue en 2006

à Lyon 1 .


  • Résumé

    De nombreux microorganismes eucaryotes dont une grande proportion de champignons, colonisent les sols dans lesquels ils remplissent des fonctions essentielles. Leur importance et leur rôle restent largement sous-estimés et de très nombreuses fonctions essentielles au bon fonctionnement de ces écosystèmes restent à préciser. Le travail a d’abord consisté à développer de nouvelles approches, basées sur l'extraction directe des ARN du sol et leur quantification, permettant l'étude des fonctions réellement assurées in situ par ces microorganismes eucaryotes. La première partie concerne la coordination de l'expression des gènes fongiques et végétaux de la voie d'assimilation du nitrate lors de l’association symbiotique entre le champignon Hebeloma cylindrosporum et les racines du pin maritime se développant en microcosme sur un sol forestier. Grâce à la comparaison souches sauvages / mutant nitrate réductase déficient il a pu être démontré que l’assimilation du nitrate par la plante est réprimée quand cette même voie fonctionne chez le champignon. La seconde partie porte sur l’expression des gènes de l’ensemble des microorganismes eucaryotes (champignons, protistes, microfaune) présents dans ce même sol forestier. Pour la première fois, il a été construit une banque d’ADNc eucaryotes à partir d’ARN extraits directement d’un sol. Cette étude a permis l’analyse de la diversité taxonomique et fonctionnelle des différents Eucaryotes du sol, ainsi que le clonage de gènes d’intérêt par expression dans la levure Saccharomyces cerevisiae

  • Titre traduit

    Expression in soil of eukaryotic microorganisms genes : from the individual to the metagenome


  • Résumé

    Numerous eukaryotic microorganisms, among which many fungi, inhabit soils in which they play essential functions. Their role is however largely underestimated and many of their biological activities remain exclusive and need to be described. The aim of this work was to develop new experimental approaches based on the extraction and quantification of RNA from environmental samples that could be used to reveal and quantify the activities that one or several eukaryotic microorganisms carry out in soil. In a first part I studied the coordination and regulation of plant and fungal genes of nitrate assimilation pathway in the symbiotic association between the fungus Hebeloma cylindrosporum and the roots of maritime pine cultivated in microcosms on a forest soil. The comparison of the effect of wild type strains versus nitrate reductase deficient fungal mutant unambiguously demonstrated that the plant nitrate assimilation pathway is repressed when corresponding fungal pathway is functionnal. In a second part the study was broaden to the different members of the soil eukaryotic microbial community. For the first time a eukaryotic cDNA library was constructed using RNA extracted directly from a forest soil. This allowed a study of both the taxonomic and functional diversity of soil Eukaryotes as well as the cloning of genes of interest via their expression in the yeast Saccharomyces cerevisiae

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Informations

  • Détails : 1 vol. (233 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 202-220

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : T50/210/2006/134bis
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