Étude de l'expression différentielle de familles de rétrovirus endogènes humains dans des tissus normaux et tumoraux à l'aide de puces à ADN

par Jean-Philippe Pichon

Thèse de doctorat en Biologie moléculaire

Sous la direction de François Mallet.

Soutenue en 2006

à Lyon 1 .


  • Résumé

    Les rétrovirus endogènes humains (HERV), environ 8% du génôme, sont exprimés dans différents contextes physiopathologiques. Leurs LTR sont suceptibles de contrôler l'expression de gènes rétroviraux ou cellulaires. Cette étude vise à mettre en évidence la réactivation de loci, pour identifier des marqueurs diagnostiques potentiels, et pour mieux comprendre le rôle biologique des HERV. Deux approches d'analyse du transcriptome HERV ont été développées. La première implique une puce à ADN basse-densité dédiée à l'étude globale de l'expression de neuf familles d'HERV. La seconde s'attache à la détection spécifique de l'expression des loci de quatre famillesà l'aide d'une puce haute-densité. L'analyse de modèles cellulaires et de tumeurs a permis de montrer le caractère différentiel des profils d'expression HERV et d'identifier des loci activés spécifiquement dans certaines tumeurs. Ces résultats ont conduit à la caractérisation d'un provirus HERV-W exprimé dans le cancer du testicule

  • Titre traduit

    Study of the differential expression of human endogenous retrovirus families in normal and cancerous tissues using microarrays


  • Résumé

    Human endogenous retroviruses (HERVs), about 8% of the genome, are transcribed in various physio-pathological contexts. Their LTR may drive retroviral or cellular gene expression. The study aims to highlight HERV loci re-activation in order to identify potential diagnostic markers and to investigate the biological function of HERVs. We developed two different approaches for the analysis of HERV transcriptome. The first one is based on a low-density microarray intended for the overall expression analysis of nine HERV families. The second is based on a high-density microarray intended for the specific analysis of the different loci of four HERV families. Applied to cell line differentiation models and to various tumors, these approaches made it possible to display the differential aspect of overall HERV expression profiles and identify loci specifically activated in some tumours. These results finally led to the characterization of a HERV-W provirus expressed in testis tumour

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (269 f.)
  • Annexes : Bibliogr. f. 189-207

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : T50/210//2006/103bis
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.