Génétique évolutive de l'adaptation aux contraintes environnementales chez les Burkholderia du complexe cepacia : cas de la famille des facteurs transcriptionnels σ70, de la fixation d'azote et des séquences d'insertion

par Aymeric Menard

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Benoît Cournoyer.

Soutenue en 2006

à Lyon 1 .

mots clés

• Bactéries
• Burkholderia cepacia
• Pseudomonas aeruginosa
• Mucoviscidose
• Variabilité génétique

Résumé

Les Burkholderia du complexe cepacia (Bcc) sont des pathogènes opportunistes retrouvées chez les patients atteints de mucoviscidose. Elles sont aussi ubiquistes dans l'environnement. Nous avons étudié la génétique évolutive de l'adaptation aux changements de biotopes au sein du Bcc, au travers de 1) l’étude de la variabilité génétique en se focalisant sur la famille des facteurs σ70. Cette approche a permis d’étudier une partie de la plasticité des processus de régulation globaux des génomes et le rôle des facteurs extracytoplasmiques liés à la virulence ; 2) les effets d’un changement de biotope sur la fixation de l’azote par B. Vietnamiensis chez des patients atteints de mucoviscidose. Cette étude a mise en évidence la perte de ces activités lors du passage chez l’homme ; 3) l’analyse des processus génétiques impliqués dans les réarrangements de génome par les séquences d’insertions. Cette approche a permis d’étudier l’émergence de clones épidémiques chez l’espèce B. Cenocepacia

Titre traduit

Evolutionary genetics of adaptation to environmental constraint in the Burkholderia cepacia complex (Bcc) : cases of the transcriptional σ70 family, of nitrogen fixation and of the insertion sequences

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