Méthode ab initio de prédiction d'opérons chez les procaryotes et validations biologiques chez les Bordetelles

par Christine Hubans

Thèse de doctorat en Biologie. Santé

Sous la direction de Yves Lemoine et de Engelbert Mephu-Nguifo.

Soutenue en 2006

à Lille 1 .


  • Résumé

    Aujourd'hui comprendre les mécanismes moléculaires qui régissent la vie est un challenge de la biologie. C'est avec l'objectif de comprendre les voies métaboliques et leur régulation que de nombreuses méthodes «in silico» ont été développées. La conservation de l'organisation des gènes sur les génomes procaryotes reflète des interactions fonctionnelles, c'est pourquoi annoter ces structures est primordial. Au cours de nos travaux, nous avons développé un algorithme de prédiction d'opérons travaillant uniquement sur base d'une séquence génomique. Notre méthode combine la prédiction de plusieurs éléments génomiques ainsi qu'une analyse de la fréquence de distribution des nucléotides et dinucléotides afin de discriminer les séquences intergéniques transcrites des non transcrites. La robustesse de notre algorithme a été éprouvée sur deux jeux de données validés d'E coli et de B. Subtilis et atteint une sensibilité de 88% et une spécificité de 89%. Afin d'annoter de nouvelles structures opéroniques chez E coli, nous avons biologiquement validé certains opérons prédits. Quatre nouveaux opérons ont été expérimentalement confinnés. De plus, nous avons vérifié biologiquement deux opérons, prédits par notre logiciel comme unités polycistroniques mais précédemment décrits dans la littérature comme juxtapositions d'unités monogéniques. Dans une dernIère partie, nous avons appliqué notre méthode au niveau de trois génomes de la famille des Bordetelles. Par une comparaison des annotations opéroniques, nous cherchons à mettre en évidence des différences d'organisation génomique pouvant entraîner des changements dans les spécificités d'hôte et pathogénicités de trois espèces très proches des Bordetelles, à savoir pertussis, parapertussis et bronchiseptica.

  • Titre traduit

    Ab initio methods predicting operons in prokaryotics genomes and experimental validation in Bordetella family


  • Pas de résumé disponible.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (191 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 166-172

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université des sciences et technologies de Lille (Villeneuve d'Ascq, Nord). Service commun de la documentation.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 50376-2006-246
  • Bibliothèque : Université des sciences et technologies de Lille (Villeneuve d'Ascq, Nord). Service commun de la documentation.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 50376-2006-247
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.