Utilisation de séquences d'un alphabet structural et nouvelles perspectives pour la recherche et l'analyse des structures des protéines

par Manoj Tyagi

Thèse de doctorat en Bio-informatique

Sous la direction de Frédéric Cadet et de Srinivasan Narayanaswamy.

Soutenue en 2006

à La Réunion .


  • Résumé

    Cette thèse explore l'application d'un alphabet structural, les blocs protéiques (BPs), dans le domaine de l'analyse des structures de protéines et de l'étude des relations séquence-structure au niveau local. La représentation dans une seule dimension sous la forme de séquences de BPs des structures des proteines nous a permis de construire une matrice de substitution et de développer une nouvelle méthode appelée PB-ALIGN pour l'alignement et la comparaison des structures. L'éfficacité de la méthode pour la recherche de structures similaires dans des banques est démontrée. L'évaluation des relations séquence-structure au niveau local confirme qu'une même séquence peptidique peut adopter différentes conformations, mais que des pentapeptides qui ont une forte corrélation entre séquence et structure existent. Ce travail propose une nouvelle stratégie pour la prédiction des structures en termes de PBs.

  • Titre traduit

    New perspectives for protein structure analysis and mining using sequences of a structural alphabet


  • Résumé

    Analysis of protein structures using structural alphabets has provided new viewpoints of protein structure organization. Using one such structural alphabet called protein blocks (PBs), we present new perspectives in protein structure analysis and further investigated local sequence-structure relationship in proteins. Based on simplification of three-dimensional space onto one-dimensional space in the form of sequences of PBs. A PB substitution matrix was devised and a new structure comparison and alignment method called PB-ALIGN, has been developed. It performed at par with existing structure comparison methods in mining similar protein structures. Local sequence to structure relationship in proteins was assessed using PBs. Analysis of identical pentapeptides having"stable" and "plastic conformation properties was performed. A knowledge-based local structure prediction scheme has been proposed and its encouraging preliminary results are discussed.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (200 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliographie f. 185-200

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  • Bibliothèque : Université de la Réunion (Saint-Denis). Service commun de la documentation. Droit-Lettres-Sciences humaines.
  • Disponible pour le PEB
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