Stéréochimie et conservation des ponts disulfures : nouvelles perspectives pour l'analyse, l'ingénierie et la modélisation moléculaire des protéines

par Ratna Rajesh Thangudu

Thèse de doctorat en Bio-informatique

Sous la direction de Frédéric Cadet.

Soutenue en 2006

à La Réunion .


  • Résumé

    Le présent travail présente une analyse approfondie de l'implication des ponts disulfures dans les structures des protéines et propose des méthodologies et outils nouveaux pour répondre à des problématiques biologiques d'intérêts. Grâce à l'exploitation des connaissances précises sur la stéréochimie des ponts disulfures nous avons construit une banque de données comprenant à la fois les ponts artificiellement crées et ceux présents naturellement et développé des applications dans le domaine de l'ingénierie des protéines en vue de leur stabilisation. Nous démontrons, par ailleurs, son utilité pour la modélisation moléculaire des domaines riches en ponts disulfures. Une analyse approfondie de l'état de conservation des ponts disulfures entre protéines homologues a été effectuée et discutée et a abouti à la mise en place de nouveaux concepts utiles pour l'étude des structures des protéines.

  • Titre traduit

    Stereochemistry and conservation of disulphide bonds : new perspectives for protein structure analysis, engineering and modelling


  • Résumé

    In the present study we report an extensive analyses of disulphide crosslinks in protein structures and propose novel tools and methods to answer diverse biological questions. A database of native and modelled disulphide bonds in protein structures is proposed by exploiting disulphide bridge stereochemistry to aid in protein engineering experiments. By using this knowledge, we propose a novel method for predicting the structures of small disulphide-rich polypeptides. Our large-scale analysis of homologous proteins suggests that conservation of disulphide bonds is not a rule and mutations are more common than expected. The evolutionary dynamics of disulphide bonds imply that not all of them have equivalent importance in the structure or function of proteins. There also appears to be no clear relationship between sequence identity and disulphide bond conservation. The consequences of such natural variations in disulphide bond distribution in homologous proteins are thoroughly discussed.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (201 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliographie f. 186-201

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  • Bibliothèque : Université de la Réunion (Saint-Denis). Service commun de la documentation. Droit-Lettres-Sciences humaines.
  • Disponible pour le PEB
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