Génomique des populations et adaptation locale : exemple de la grenouille rousse (Rana temporaria) le long d'un gradient d'altitude

par Aurélie Bonin

Thèse de doctorat en Biodiversité, écologie, environnement

Sous la direction de Claude Miaud, François Pompanon et de Pierre Taberlet.

Soutenue en 2006

à l'Université Joseph Fourier (Grenoble) .


  • Résumé

    La génomique des populations consiste à étudier de nombreux marqueurs génétiques dans le but de comprendre l'influence des forces évolutives (dérive génétique, migration, sélection naturelle etc. ) sur le génome. Elle constitue donc un outil précieux pour détecter les locus soumis à la sélection naturelle, sur la base de leur variabilité génétique atypique. Dans un premier temps, ce travail de thèse examine la pertinence de la génomique des populations pour révéler les bases génétiques de l'adaptation locale le long d'un gradient de sélection (l'altitude) chez une espèce non-modèle (la grenouille rousse, Rana temporaria). Les locus présentant une signature de sélection ont été détectés à l'aide d'un criblage génomique basé sur plusieurs centaines de marqueurs AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) et de deux méthodes statistiques spécialement adaptées au traitement de données dominantes. Puis nous explorons l'application potentielle de la génomique des populations en biologie de la conservation et proposons un nouvel indice rendant compte de la diversité génétique adaptative des populations, l'Indice Adaptatif Populationnel. L'utilisation de cet indice est illustrée grâce à deux cas d'étude, l'un chez la grenouille rousse, et l'autre chez une plante alpine menacée, le dracocéphale d'Autriche (Dracocephalum austriacum). Enfin, la validité des signatures de sélection dépend considérablement de la qualité des données génétiques. Dans un troisième temps, nous nous intéressons donc au problème général des erreurs de génotypage dans les disciplines utilisant l'outil génétique, en nous concentrant sur les erreurs associées aux données AFLP.


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  • Titre traduit

    Population genomics and local adaptation : example of the common frog (rana temporaria) along an altitude gradient


  • Résumé

    Population genomics consists in studying numerous genetic markers in order to disentangle the influence of evolutionary forces (genetic drift, migration, natural selection etc. ) on the genome. Therefore, it is a valuable tool to detect locus under natural selection on the basis oftheir atypical genetic variability. First, this work examines the appropriateness of population genomics to reveal the genetic basis of local adaptation of a non-model species (the commo frog, Rana temporaria) along a selection gradient (altitude). Locus displaying a selection signature were detected using a genomic scan based on severa hundreds AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) markers and two statistical methods specially modified to handle dominant data. Then, we explore the potential application of population genomics in conservation biology and propose a new index allowing for the adaptive genetic diversity within population, the Population Adaptive Index. The use of this index is iIIustrated in two study cases, one in the common fog, and the second one in a threatened alpine plant, the Austrian dragonhead (Dracocephalum austriacum). The validity of selection signatures greatly depends on the quality of the genetic data. Eventually, we thus consider the general issue of genotyping errors in the areas using genetic tools, focusing on the errors associated with AFLP data.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (IV-154 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 143-154

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  • Bibliothèque : Service interétablissements de Documentation (Saint-Martin d'Hères, Isère). Bibliothèque universitaire de Sciences.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : TS06/GRE1/0039
  • Bibliothèque : Service interétablissements de Documentation (Saint-Martin d'Hères, Isère). Bibliothèque universitaire de Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS06/GRE1/0039/D
  • Bibliothèque : Muséum national d'histoire naturelle. Bibliothèque centrale.
  • PEB soumis à condition
  • Cote : 138 576
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