Le domaine protéique, une unité d'homologie pertinente en génomique comparative.

par Sophie Pasek

Thèse de doctorat en Bioinformatique et génomique

Sous la direction de Jean-Loup Risler.

Soutenue en 2006

à Evry-Val d'Essonne .


  • Résumé

    La génomique comparative tente de retracer l'histoire évolutive des organismes à travers l'étude comparative des gènes et des mécanismes évolutifs qui les affectent. Habituellement, elle se focalise sur le gène ce qui ne permet pas d'attribuer des histoires évolutives distinctes aux différents morceaux qui constituent le gène. Afin de prendre en compte cette modularité, ce travail revisite certains problèmes de génomique comparative en utilisant une unité d'évolution plus petite que le gène : le domaine. Nous avons introduit la notion de synténie de domaines : segments chromosomiques dont le contenu en domaines est conservé d'une espèce à l'autre, mis en évidence le rôle primordial des fusions/fissions de gènes dans la création de nouvelles architectures multi-domaines et montré que la redondance en domaines est un mécanisme de compensation génétique. Utiliser le domaine comme unité d'homologie à la place du gène s'est avéré pertinent et a permis d'apporter de nouveaux résultats.


  • Résumé

    Comparative genomics aims at understanding the different evolutionary scenario that may explain the divergence between distinct species. As a rule, comparative genomics focuses on genes but different parts of a gene could have evolved independently. To take into account this modularity, we here adopt the innovative approach focusing on domains instead of genes and we reinvestigate three problems at the light of domains. First, we introduce the notion of micro-syntenies of domains that could be defined as a local conservation of domain content and proximity across several genomes. Second we provide evidence that gene fusion/fission is a major contributor to evolution of multi-domain bacterial proteins. Third, we show the role of domain redundancy in genetic robustness as a compensation mechanism against null mutations. For each of the three above problems, focusing on genes rather than on domains enabled us to draw many interesting consequences from.

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (66 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 60-66

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université d'Evry-Val d'Essonne. Service commun de la documentation. Bibliothèque centrale.
  • Consultable sur place dans l'établissement demandeur
  • Cote : 572.86 PAS dom
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.