Diversité génétique, adaptation de Pterocarpus officinallis Jacq. Et de ses symbiotes dans des forêts marécageuses de la région Caraïbe

par Felix Muller

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Amadou Bâ.

Soutenue en 2006

à Antilles-Guyane .


  • Résumé

    Les flux de gène, la différenciation et la structuration de huit populations insulaires (1 en Dominique1en Martininique, 2 à Porto Rico et 4 en Guadeloupe) et d'une population continentale(1 en Guyane Française) de P. Officinalis ont été analysés à l'aide de six marqueurs microsatellites nucléaires développés et sélectionnés pour leur polymorphisme (4 à 20 allètes/locus), et de trois marqueurs microsatellites chloroplastiques identifiés à partir d'amorces universelles. Comme on pouvait s'y attendre,la diversité en milieu insulaire est globalement plus fiaible sur le continent. Les indices de fixation varient de Fis=-0. 043 à Fis=0. 368. La forte structuration des populations, observée aussi bien avec les marqueurs chloroplastiques, que nucléaires,respectivement Fstcp=0. 58et Fstnuc=0. 29,serait à relier à un faible taux de migrants. La distribution des chlorotypes peut-çetre envisagée par la dissémination des gènes,favorable aux graines (Rp/g=2,18). La capacité germinative des graines est maintenue après un séjour prolongé dans l'eau douce ou en moindre mesure dans l'eau de mer. Toute les souches bactériennes isolées de nodules des différentes populations de P. Officinalis appartiennent au genre Bradyrhyzobium. L'analyse phylogénétique des Bradyrhizobium par séquençage de l'ITS montre d'une part, un groupe monophylétique contenant la grande majorité des souches insulaires très proche d'une souche de Bradyrhizobium sp. V d'afrique de l'Ouest et, d'autre part, deux groupes paraphylétiques comprenant les souches de Guyane française,mais aussi certaines souches de Porto Rico. La diversité bactérienne au niveau insulaire est plus faible que celle de la Guyane

  • Titre traduit

    Genetic diversity,adaptation of Pterocarpus officinialis Jacq. And its symbiontes in swamp forests withnin Caribbean region


  • Résumé

    Gene flow, genetic diversity and structure of eight insular Caribbean populations (one from Dominica,two from Puerto Rico and four from Guadeloupe)and one Continental population (one from French Guyana) of P. Officinalis were analysed using six nuclear microsatellite loci,displaying a number of alleles ranging from 4 to 20,designed specifically for P. Officinalis,and three universal chloroplast probes to genotype indiduals. Like that was expected,insular populations showed a lower diversity than continental population. Fixation index ranged from Fis=0. 043 to Fis 0. 368. Strong population structuration was observed with both chloroplastic and nuclear markers (respectively Fstcp=0. 58 and Fstnuc=0. 29),could be linked to a lower migrant rate. Chlorotype distribution could be favored by a seed gene flow (Rp/s=2. 18). Seeds are able to germinate after floating in fresh water or in sea water in the least All the strains isolated from nodules of the different populations of P. Officinalis belonged to the phylogenetic group of Bradyrhizobium. Phylogenetic analysis of the ITS rDNA gene sequences from Bradyrhizobium strainsalso showed three groups, one monophyleticgroup including all the insular strains together with the Bradyrhizobium sp. V from West Africa,and two paraphyletic groups including all continental strains and some Puerto Rican strains. However,insular Bradyrhizobium strains showed a lower diversity than those from French Guyana. The mycorrhizal soil infectivity( MPN values) and AM colonization of P. Officinalis decreased along the salinity gradient in swamp forest (Belle Plaine,Guadeloupe). We did not identify arbuscular mycorrh.

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Informations

  • Détails : 1vol. 211 p.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr.274 réf.

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  • Bibliothèque : Université des Antilles et de la Guyane (Pointe-à-Pitre, Guadeloupe). Service commun de la documentation. Section Droit-Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TA 0194
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