Construction d'une carte intégrée génétique et cytogénétique chez le lapin européen (Oryctolagus cuniculus) : application à la primo- localisation du caractère rex

par Céline Alice Stéphanie Chantry-Darmon

Thèse de doctorat en Génétique moléculaire

Sous la direction de Patrick Chardon.

Soutenue en 2005

à Versailles-St Quentin en Yvelines .


  • Résumé

    Chez le lapin, la majorité des outils de cartographie étaient absents au démarrage du projet. Nous avons donc entrepris de construire une carte intégrée génétique et cytogénétique dans cette espèce et de l'utiliser pour localiser un caractère de fourrure intéressant particulièrement l'INRA, appelé rex. Notre objectif a été de produire simultanément une carte cytogénétique de gènes et de microsatellites pour construire ensuite une carte génétique en typant les microsatellites dans les familles de référence. Pour couvrir l'ensemble du génome de lapin, des gènes pour chaque bande chromosomique humaine ont été sélectionnés puis recherchés dans la banque de BAC. Les BAC identifiés ont ensuite été localisés par FISH sur les chromosomes de lapin et sous-clonés pour identifier des microsatellites. Des localisations pour 248 nouveaux gènes répartis sur tous les chromosomes ont été obtenues, enrichissant d'un facteur 8 la carte cytogénétique du lapin. Parmi les 305 microsatellites obtenus, 178 sont localisés sur tous les chromosomes de lapin sauf OCU21. Huit familles de référence de trois générations qui ségrégent pour le caractère rex, soit un total de 187 animaux, ont été produites. La carte génétique compte à ce jour 118 marqueurs, dont 94 sont répartis en 21 groupes de liaison ancrés sur 18 chromosomes de lapin et 22 sont orphelins mais avec une localisation cytogénétique. Au final, cette carte génétique couvre 2929 cM avec des microsatellites répartis sur tous les chromosomes sauf OCU20 et 21. La carte intégrée a été validée par la localisation de deux marqueurs phénotypiques, angora et albinos et a permis de localiser le caractère rex.

  • Titre traduit

    Construction of an integrated genetic and cytogenetic map in the European rabbit (Oryctolagus cuniculus) : application to the localisation of the rex character


  • Résumé

    Most mapping tools were still not developed at the beginning of the project for the rabbit. Therefore, we have undertaken to construct an integrated genetic and cytogenetic map and to use it to map the rex character, involved in the quality of rabbit fur. Our aim was to produce simultaneously a cytogenetic map containing genes and (TG)n or (TC)n microsatellites and to construct a genetic map by typing the microsatellites in reference families. In order to cover the whole of the rabbit genome with markers, genes for each human chromosomal band were selected and searched in the rabbit BAC library. Isolated BAC clones were localized by FISH on the rabbit chromosomes and then sub-cloned to produce microsatellite sequences. We have localized 248 new genes distributed over all the rabbit chromosomes, enriching 8-fold the rabbit cytogenetic map. Among the 305 microsatellites obtained, 178 were localized on every rabbit chromosome except OCU21. Eight reference rabbit families were produced with three generations and 187 animals in which the rex character segregates. To date, this genetic map contains 118 markers. Among these markers, 94 are distributed in 21 linkage groups anchored to 18 rabbit chromosomes, 22 are localized by FISH with genotyping information. In conclusion, this genetic map covers 2929 cM with microsatellites on all the chromosomes except OCU20 and 21, among which 51 are directly integrated in the cytogenetic map. The integrated map obtained during this work is validated by the localization of two phenotypic markers, angora and albinos. It has also made it possible to localize the rex character

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Informations

  • Détails : 218 p.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : 205 réf. Bibliogr. p.175-184

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  • Bibliothèque : Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines. Direction des Bibliothèques et de l'Information Scientifique et Technique-DBIST. Bibliothèque universitaire Sciences et techniques.
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  • Cote : 572.8 CHA
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  • Cote : T050012
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