Impact des intrants organiques et des conduites culturales sur la biomasse microbienne et la diversité des bactéries telluriques

Impact of organic products and farming practices on soil microbial biomass and bacterial diversity

• Auteur / Autrice : Raphaël Calbrix
• Direction : Sylvie Barray
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie. Microbiologie
• Date : Soutenance en 2005
• Etablissement(s) : Rouen

Mots clés

Mots clés contrôlés

Boues d'épuration (engrais)

Déchets organiques (amendements)

Microbiologie agricole

Biomasse

Empreintes génétiques

Polymorphisme génétique

Polymorphismes de longueur des fragments de restriction

Mots clés libres

Biomasse microbienne

Biolog

T-rflp

Résumé

L'objectif de ce travail est d'analyser, au cours d'une cinétique de 24 mois, les effets de différents types de produits organiques (Boue de STEP, Fumier, Compost de fumier et Compost de boue) sur les communautés microbiennes telluriques, en tenant compte des conduites culturales. Les communautés ont été analysées d'un point de vue quantitatif (dénombrement des bactéries hétérotrophes aérobies cultivables, quantification de l'ADN et du carbone microbien) et par un suivi de l'activité métabolique potentielle (Biolog) et de la diversité génétique (T-RFLP ADNr 16S). Nous avons mis en évidence un impact spécifique transitoire au cours des trois premiers mois suivant l'épandage. L'évolution des communautés semble particulièrement influencée par la proportion de carbone minéralisable et de lignine (Van Soest) dans les produits organiques. L'influence du labour et des végétaux implantés est également révélée par l'évolution de la structure des communautés bactériennes au cours de la cinétique.

The aim of this work is to analyse the effects of four different organic products (turkey manure, compost of turkey manure and ligneous wastes, sewage sludge and compost of sewage sludge) on soil microbial communities in function of agricultural managements, during a 24 months kinetic. The microbial communities were characterised in a quantitative point of view (enumeration of heterotrophic cultivable bacteria, assay of soil total, microbial carbon assay) and in a qualitative one by potential metabolic fingerprinting (Biolog) and genetic structure of soil bacterial communities (T-RFLP 16S rDNA). A transitory impact specific to the different organic products was shown. The impact of organic products on microbial biomass and on bacterial community structure seemed to depend on their rate of lignin (Van Soest) and of mineralisable carbon. The influence of the tillage and the vegetation was revealed by the evolution of bacterial community structure during the 24 months of the experiments.