Intégration de données pour l'analyse de transcriptome : mise en œuvre par l'entrepôt GEDAW (Gene Expression Data Warehouse)

par Émilie Guérin

Thèse de doctorat en Biologie. Bioinformatique

Sous la direction de Christiane Guillouzo et de Dominique Lavenier.

Soutenue en 2005

à Rennes 1 .

mots clés

• Bioinformatique
• Entrepôts de données
• Expression génique
• Systèmes d'information

Résumé

L'intégration de données en bioinformatique est devenue essentielle à l'exploitation des masses de données engendrées par les avancées de la génomique. D'autre part, l'interprétation des données générées par les technologies d'étude de transcriptome nécessite une confrontation de données complémentaires sur les gènes étudiés ainsi que des moyens d'analyses puissants. Dans ce contexte, nous avons développé une approche d'intégration dédiée à l'analyse de transcriptome. GEDAW (Gene Expression DAta Warehouse) est un entrepôt de données orienté objet qui intègre une variété de sources et de standards des domaines de la génomique, de la biologie et de la médecine. Les données intégrées sont ensuite consultées et analysées afin d'extraire de la connaissance sur les données d'expression. GEDAW a été utilisé dans le contexte de l'étude du transcriptome hépatique, et a permis de dégager de nouvelles hypothèses quant à l'association de gènes avec des pathologies hépatiques.

Titre traduit

Data integration devoted to transcriptome analysis : GEDAW (Gene Expression Data Warehouse)

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