Caractérisation des communautés bactériennes des aquifères profonds.

par Odile Basso

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Michel Magot.

Soutenue en 2005

à Pau .


  • Résumé

    Les communautés bactériennes inféodées aux aquifères profonds ont été caractérisées par l'utilisation de techniques de microbiologie culturales et moléculaires. La première partie décrit la validation de l'efficacité d'une procédure d'échantillonnage spécifique pour l'étude de cet écosystème particulier, à partir d'un puits artésien. Elle comprend une purge importante, un brossage mécanique, et une chloration afin de stériliser le conduit sur toute sa longueur avant le prélèvement d'eau. La deuxième partie décrit la caractérisation des communautés bactériennes de 3 aquifères profonds. Les eaux profondes présentent des populations totales variant de 103 à 105 bactéries/ml et une biodiversité importante caractérisée par la présence de taxons appartenant aux phyla des Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria et Bacteroidetes. La troisième partie concerne la description et la caractérisation d'une nouvelle espèce bactérienne sulfato-réductrice, nommée Desulfovibrio putealis.


  • Résumé

    The microbial diversity inhabiting deep aquifers was characterized by both culture-dependent and culture-independent techniques. In the first part of this manuscript describes and evaluate a cleaning and desinfecting protocole of an artesian well from which several samples were collected. The procedure included extensive purges, a mechanical cleaning and chlorine injection to disinfect the whole line before sampling. In the second part, the microbial diversity of 3 subsurface water samples is described. The total microbial counts ranged from 103 to 105 bacteria per mL. Molecular analysis of enrichment cultures and clones libraries showed the presence of a wider diversity of microorganisms realted to Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria and Bacteroidetes. In the third part of the manuscript, a novel sulfate-reducing bacterium isolated from a deep subsurface aquifer, Desulfovibrio putealis sp. Nov. , is described.

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Informations

  • Détails : 193 p.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p.166-186

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  • Bibliothèque : Université de Pau et des Pays de l'Adour. Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : US 456977
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