La microflore associée à la muqueuse intestinale chez l'homme dans le contexte de la maladie de Crohn

par Patricia Lepage

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Joël Doré.


  • Résumé

    La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire cryptogénétique de l'intestin caractérisée par une inflammation segmentaire du tube digestif et évoluant par poussées entrecoupées de phases de rémission. Elle atteint généralement des sujets jeunes et son étiologie reste inconnue à ce jour. C'est une maladie multifactorielle dans laquelle interviennent probablement une prédisposition génétique, associée à une réaction exagérée du système immunitaire en réponse à un facteur environnemental. De nombreux arguments placent la microflore associée à la muqueuse comme facteur essentiel au développement ou au maintien de la MC. Des stratégies d'analyse de la biodiversité ont été appliquées avec pour objectif la caractérisation de la microflore associée à la muqueuse chez des individus sains et des patients atteints de MC. Il est apparu que la microflore mucosale dominante constitue un écosystème original différant de la microflore fécale. Elle est de plus spécifique de chaque individu et stable le long du tube digestif distal, de l'iléon jusqu'au rectum. Ces caractéristiques sont également retrouvées au cours de la MC. Il est de plus notable qu'au cours de la MC, la microflore mucosale dominante des patients reste très similaire entre tissus non ulcérés et ulcérés. La stratégie de l'inventaire moléculaire, appliquée à des biopsies de 2 patients en poussée de MC, a quant à elle permis de montrer que 2 OTUs proches de Faecalibacterium prausnitzii et de Ruminococcus torques étaient uniquement observées dans les tissus sains chez les 2 patients. La biodiversité des bactéries du groupe Clostridium leptum était diminuée au niveau des tissus ulcérés, mais aucune espèce bactérienne particulière n'a pu être spécifiquement attribuée à ces zones. Ces résultats viennent donc renforcer le concept de dysbiose au niveau mucosal, d'autant qu'aucune espèce pathogène n'a été mise en évidence. Cette dysbiose pourrait être le résultat de l'installation post natale d'une flore "à risque". Elle pourrait également faire intervenir d'autres microorganismes, voire des virus procaryotes comme le suggèrent nos travaux. Si un phénomène de dysbiose est démontré sur un nombre plus important de patients, des "modulations" de la microflore, notamment via l'utilisation de probiotiques, pourraient permettre de rééquilibrer cette microflore.


  • Résumé

    Crohn's disease (CD) is an inflammatory bowel disease characterized by a patchy inflammation of the digestive tract and a succession of remission an flare-up periods. It mostly affects young individuals and its aetiology remains still unclear. It seems to be a multifactor disease involving a genetic predisposition, associated to a defect in the immune system responding to one or more environmental factor. Lots of arguments set the mucosa-associated microbiota as a crucial factor for initiation or maintenance of CD. Biodiversity analysis strategies have been applied aiming to describe this mucosa-associated microbiota in healthy individuals and patients with CD. The mucosa-associated microbiota was shown to be a specific ecosystem differing from the fecal one. Moreover, it was specific of each individual and stable along the distal digestive tract, from the ileum to the rectum. These features were also observed during CD. It was noteworthy that the dominant mucosa-associated microbiota remained very similar between ulcerated and non ulcerated tissues in patients with CD flares-up. The molecular libraries created from biopsies of 2 CD patients showed that 2 OTUs relatives of Faecalibacterium prausnitzii and Ruminococcus torques were only recovered in healthy tissues in the 2 patients. Diversity of the Clostridium leptum group was reduced in ulcerated tissues, but no specific bacterial species could be linked with mucosal ulcerations. No pathogenic bacteria were observed in the mucosa. These results strengthen the dysbiosis concept at a mucosal level. The dysbiosis could be a consequence of the installation in the postnatal period of a "detrimental" microbiota. Other microorganisms could also be involved in it, prokaryotic viruses for instance. If the dysbiosis phenomenon observed here is confirmed on a higher number of patients, "modulations" of the microbiota, particularly via probiotics, could allow a re-equilibrium of that ecosystem.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (176 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 137-145

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  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Châtenay-Malabry, Hauts-de-Seine). Service Commun de la Documentation. Section Pharmacie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 05PA114834 B
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