Identification des déterminants de l'expression génique lors de l'adaptation de Lactococcus lactis au stress : intégration des données de transcriptome et de stabilité des ARN messagers

par Emma Redon

Thèse de doctorat en Microbiologie et biocatalyse industrielle

Sous la direction de Muriel Cocaign-Bousquet.

Soutenue en 2005

à Toulouse, INSA .

  • Titre traduit

    Identification of gene expression determinants during the adaptation of Lactococcus lactis to stress : integration of transcriptome and mRNA stability data


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  • Résumé

    L'adaptation de Lactococcus lactis aux stress nutritionnels a été caractérisée en dynamique de culture en conditions contrôlées. Une approche de type macroarray destinée à mesurer conjointement l'expression des gènes (transcriptome) et la stabilité des ARN messagers, domaine largement ignoré, a e��té couplée à la mesure d'indicateurs métaboliques. Ce travail constitue non seulement la première analyse transcriptomique chez L. Lactis, mais aussi la première caractérisation globale de la stabilité des ARNm lors d'un stress. La carence en carbone (épuisement de glucose) et la réponse stringente, associée soit à la carence en isoleucine soit à la présence d'un inducteur de cette réponse (la norvaline), ont été étudiées. Chacune des conditions génère des réponses générales négatives affectant les gènes codant pour les activités physiologiques majeures, des réponses spécifiques de la carence imposée et des réponses non directement liées aux carences. La confrontation des données a permis de réfuter l'idée émergente du caractère universel de la réponse stringente. Des variations importantes de stabilité des ARNm sont observées au cours des carences. Une analyse bioinformatique a permis de proposer des déterminants de la stabilité et des mécanismes de dégradation des ARNm originaux. L'intégration des données de transcriptome et de stabilité, réalisée avec un nouveau concept de calcul de coefficients de régulation, a permis de quantifier l'influence de la transcription et la stabilité sur la concentration des ARNm. Cette approche innovante a révélé que, lors des carences, l'expression de plus de 20 % des gènes est régulée par la stabilité des ARNm, et non par la transcription.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (269 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 249-265

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  • Bibliothèque : Institut national des sciences appliquées. Bibliothèque centrale.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 2005/804/RED
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