Développements de méthodes d'analyses protéomiques différentielles pour l'étude des protéines membranaires

par Claire Ramus

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Jérôme Garin.

Soutenue en 2005

à l'Université Joseph Fourier (Grenoble) .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    L'étude de la dynamique d'expression des protéines, étude qui est indispensable pour appréhender les grands mécanismes de fonctionnement de la machinerie cellulaire, nécessite la mise au point de techniques d'analyses protéomiques différentielles. De par leur implication dans de très nombreux processus cellulaires, les protéines membranaires font l'objet d'études particulièrement attrayantes. Le laboratoire ayant acquis depuis plusieurs années une expertise dans le domaine de l'analyse des protéines membranaires, nous avons entrepris de développer différentes méthodes d'analyses protéomiques différentielles des protéines membranaires : - le marquage isotopique différentiel des protéines à l'aide de réactifs chimiques de type ICAT a tout d'abord été adapté à l'analyse d'une protéine membranaire modèle (ANT -1). La stratégie choisie, qui consiste notamment à réaliser le marquage en présence de concentrations élevées de SDS et d'urée, a été ensuite appliquée à l'analyse quantitative de fractions membranaires de thylacoïdes et de cellules souches murines. La mise en évidence d'un marqueur membranaire des cellules souches murines totipotentes valide cette stratégie. - l'analyse quantitative des protéines à l'aide peptides trypsiques marqueurs a également été exploitée dans le cadre d'une étude approfondie portant sur les protéines membranaires localisées dans l'enveloppe des chloroplastes de plantules d'Arabidopsis thaliana sauvage et mutante (délétion d'un transporteur hypothétique IE18). La mise au point de ces différentes méthodes a également contribué à évaluer les performances des nouveaux logiciels dédiés aux analyses protéomiques quantitatives.


  • Pas de résumé disponible.

  • Titre traduit

    New insight methodologies for the differential analysis of membrane proteins


  • Résumé

    Study of the dynamic protein expression, which is essential for the understanding of cellular functions and mechanisms, requires the development of differential proteomic strategies. The involvement of membrane proteins in numerous essential cellular processes makes their targeted anaIysis particularly interesting. In order to specifically study membrane proteins, over the last few years, proteomics approaches have been developed and are now routinely used in our laboratory. Relying on this experience we undertook the developmer of dlfferent strategies for the quantitative analysis of these previously enriched membrane proteins. - Firstly, clfferential isotopic labeling of proteins using chemical reagents such as ICAT was adapted to the study of a model membrane protein (ANT -1). The optimised strategy, involving labeling proteins in the presence of high concentrations of ses and urea, was then applied to the quantitative analysis of thylakoid membrane preparations or of membrane fractions obtained from murine embryonic stem ceIIs. The identification of a membrane protein specifically expressed in totipotent stem cells fully validates our strategy. - During the course of the extensive study of the Arabidopsis thaliana chloroplast envelope membrane, a quantitative protein analysis wa! also carried out using synthetic trypsic peptides. This strategy was applied to compare the protein expression patterns of envelope proteins from wild type and mutant plants, the latter being caracterised by the deletion of the gene coding for the hypothetical lE18 translocator. This work allowed the evaluation of new quantitative software modules currently developed in the laboratory.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (280 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 268-280

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  • Bibliothèque : Service interétablissements de Documentation (Saint-Martin d'Hères, Isère). Bibliothèque universitaire de Sciences.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : TS05/GRE1/0051
  • Bibliothèque : Service interétablissements de Documentation (Saint-Martin d'Hères, Isère). Bibliothèque universitaire de Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS05/GRE1/0051 /D
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