Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes

par Géraldine Pascal

Thèse de doctorat en Bioinformatique. Biologie structurale et génomique

Sous la direction de Claudine Médigue.

Soutenue en 2005

à Evry-Val d'Essonne .


  • Résumé

    Les organismes vivants sont soumis à diverses pressions de sélection qui n'agissent pas seulement au niveau du phénotype global mais à chaque niveau de l'organisation de la cellule. Nous avons analysé la composition globale en acides aminés de l'ensemble des protéomes étudiés à l'aide, entres autres, de l'Analyse Factorielle des Correspondances et de l'outil de partitionnement, les nuées dynamiques. Ont été étudiés (i) les modèles microbiens les mieux connus, E. Coli, B. Subtilis et M. Jannaschii, (ii) un échantillon représentatif du monde procaryote de 28 organismes aux caractéristiques les plus diverses, (iii) la pathogénicité de P. Luminescens, (iv) la qualité psychrophile de la bactérie P. Haloplanktis, dont la vie à basse température est caractérisée par des protéines fortement biaisées en asparagine. Enfin, une perspective d'application aux eucaryotes simples est évoquée au regard de travaux préliminaires sur l'usage des codons de P. Marneffei, un champignon dimorphe pathogène.


  • Résumé

    Living organisms are subjected to diverse selection pressures not only on global phenotype but at each level of cellular organisation. We analysed the global amino acid composition of all proteins of each proteomes studied using multivariate analysis, Correspondence Analysis and a clustering method called dynamic clouds. We studied (i) prokaryote models E. Coli, B. Subtilis and M. Jannaschii, (ii) a representative sample of the prokaryote world including 28 organisms of with very diverse characteristics, (iii) the pathogenicity of P. Luminescens, (iv) a psychrophile feature of the bacterium P. Haloplanktis, for which life in the cold is characterised by proteins with a high asparagine bias, and (v) a perspective will be to apply these analyses to simple eukaryotes through preliminary analysis of codon usage by P. Marneffei, a dimorphic pathogenic fungus.

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Cette thèse a donné lieu à une publication en 2006 par [CCSD] à Villeurbanne

Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes

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  • Détails : 1 vol. (ii-204 p.)
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  • PEB soumis à condition
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