Les Aphyllophorales impliquées dans la dégradation du bois : caractérisation taxinomique, phylogénie et détection précoce des champignons dans le bois

par Alba Zaremski

Thèse de doctorat en Biosciences de l'environnement, chimie et santé

Sous la direction de Jean-Luc Clément.


  • Résumé

    Après une revue bibliographique de nos connaissances du bois puis des champignons qui le dégradent, trois chapitres sont développés afin de mieux comprendre l'organisation de la diversité des champignons qui dégradent le bois pour, à terme, en optimiser les usages. Une étude taxinomique (PCR-RFLP et séquençage des ITS) a été menée sur 98 Basidiomycètes dégradant le bois en pourriture fibreuse ou cubique. L'analyse des poids moléculaires des amplifiats a permis de définir deux groupes d'isolats : un premier avec un ITS d'environ 635 paires de bases et un second avec une longueur voisine de 725 paires de bases. L'utilisation d'enzymes de restriction a permis de caractériser la diversité de ces isolats. L'imprécision de lecture des poids moléculaires des amplifiats et des fragments de restriction a été estimée à 12 %. En partie de ce fait, l'utilisation des séquences paraît mieux adaptée à l'étude taxinomique de ce groupe de champignon, y compris la détermination de la longueur des ITS. L'analyse phylogénétique des séquences ITS réalisée sur 57 souches et 96 séquences de référence a permis de mettre en évidence des groupes de souches de pourriture cubique distincts des groupes de souches de pourritures fibreuses mettant en évidence des relations entre phylogénie et fonction. Ces analyses ont également permis de préciser la position taxinomique d'isolats indéterminés. Enfin, un outil de détection précoce des champignons dans différents bois a été développé. Pour cela, le bois de cinq essences différentes a été infecté par cinq souches différentes. Malgré des pertes de masse souvent inférieures à 5 %, indicatrice d'un très faible niveau d'attaque, une séquence d'ADN homologue de la souche utilisée a été retrouvée dans 21 des 25 combinaisons bois/champignon testées, démontrant la pertinence de cette méthode. Ces travaux permettent d'envisager des innovations dans le domaine de la préservation du bois

  • Titre traduit

    Aphyllophorales involved in wood decay : taxononical characterisation, phylogeny and early detection of infection


  • Résumé

    After a review of our knowledge about wood and wood decaying fungi, three chapters are developed to improve our understanding of the organization of wood decaying fungi diversity to optimize wood uses. A taxonomical study (PCR-RFLP and ITS sequencing) was carried out on 98 Basidiomycetes degrading wood in cubic and fibrous rots. The analysis of ITS molecular weight allowed to define two clusters: one having an about 635 bases pairs ITS and a second having a 725 bases pairs ITS. Genomic diversity within these isolates has been specified using restriction enzymes. Error in molecular weight assessment of PCR products and restriction fragments was of 12 %. Partly because of that fact, the use of sequencing appeared better adapted for taxononical studies, including the assessment of ITS length. The phylogenetical analyses of ITS performed on 57 collection strains and 96 data bank sequences allowed to evidence groups of cubic rots distinct from groups of fibrous rots. These analyses permited to evidence relationships between phylogeny and function and to specify the taxonomical position of unidentified strains. Lastly, a tool for the early detection of fungi in different wood has been developed. For that purpose, five different woods have been infected by five different strains. In spite of weight losses, generally below 5 % indicating a very low level of infection, a DNA sequence homologous to the strain used was obtained in 21 of the 25 wood/fungus combination tested, demonstrating the pertinence of this method. The work opened new possibilities for further development in the field of wood preservation

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Informations

  • Détails : 1 vol. (148 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliographies p. 115-116 et p. 129-148. Index des taxons cités dans le texte

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université d'Aix-Marseille (Marseille. St Charles). Service commun de la documentation. Bibliothèque universitaire de sciences lettres et sciences humaines.
  • Disponible pour le PEB
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