Synthèse d'oligonucléotides renfermant des lésions inter-thyminiques

par Javier Ulises Ortiz Mayo

Thèse de doctorat en Chimie organique

Sous la direction de Pascale Clivio.

Soutenue en 2004

à Paris 11 , en partenariat avec Université de Paris-Sud. Faculté des Sciences d'Orsay (Essonne) (autre partenaire) .


  • Résumé

    Les lésions provoquées entre deux thymines dans l'ADN, sous rayonnement UV ou ionisant, peuvent être à l'origine de la carcinogenèse. Ces adduits suscitent un grand intérêt pour les études mécanistiques de formation et de réparation par l'organisme. Pour cela, il est nécessaire de disposer d'oligonucléotides, de séquence choisie renfermant la lésion, dont la meilleure voie d'accès reste la synthèse chimique. La première partie de cette thèse concerne la synthèse des lésions photochimiques majeures de l'ADN sous irradiation UV, les adduits cyclobutanique et pyrimidine(6-4)pyrimidone et la mise au point d'une nouvelle voie d'incorporation de ces adduits dans les ODNs. Nous avons décrit la synthèse d'un nouveau phosphoramidite de l'adduit cis-syn CPD de thymine ainsi que son incorporation dans des ODNs par synthèse automatique sur support solide. L'originalité de cette synthèse repose sur l'emploi du groupement protecteur lévulinyle qui est stable dans les conditions de photolyse et compatible avec la synthèse sur support solide. Pour obtenir un phosphoramidite renfermant l'adduit (6-4)PP, nous avons étudié l'influence des groupements protecteurs d'un dinucléotide de thymine sur sa photoréactivité. La deuxième partie est consacrée à la synthèse d'adduits 6-(a-thyminyl)-5,6-dihydrothymine en vue de la préparation d'ODNs. Ils ont été synthétisés en utilisant la photoréactivité de la 4-thiothymine. L'évaluation de leur stabilité a permis d'envisager la synthèse des phosphoramidites correpondants. En série protégée, la synthèse est compatible avec la protection du phosphate internucléotidique. L'emploi du groupement protecteur adapté en 5' devrait conduire au phosphoramidite.


  • Résumé

    UV or ionizing radiations can induce lesions between adjacent thymines in DNA that can lead to mutation and carcinogenesis. These lesions are the subject of intensive studies in the field of their formation and repair mechanism. To better understand their effects, it is necessary to work on oligonucleotides of determined sequences incorporating the lesions and the best way to obtain them remains the chemical synthesis. The first part of this work concerns the synthesis of the major UV induced DNA lesions, the cyclobutane and the pyrimidine(6-4)pyrimidone adducts, and a new approach which improves the insertion of these adducts into ODNs. The synthesis of a new phosphoramidite building block of the thymine cis-syn CPD and its incorporation in ODNs by automated solid support synthesis is described. The originality of this work is based on the use of the levulinyl protecting group which is stable in the photolysis step and compatible with the conditions of solid phase synthesis. In view of obtaining the phosphoramidite building block of the (6-4)PP adduct, we have studied the influence of protecting groups on the photochemical reactivity of a thymine dinucleotide. The second part concerns the synthesis of 6-(?-thyminyl)-5,6-dihydrothymine adducts to prepare ODNs. These adducts were synthesized by taking advantage of the photochemical reactivity of a 4-thiothymine derivative. The tests of stability make their incorporation into ODNs possible. The internucleotide phosphate protecting group is compatible with the conditions employed for the synthesis of these adducts. The use of an adequate 5'-protecting group should afford the corresponding phosphoramidite building block.

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Informations

  • Détails : 218 p.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p.160-168

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  • Bibliothèque : Université Paris-Sud (Orsay, Essonne). Service Commun de la Documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : 0g ORSAY(2004)95
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