Influence de la pression sur la dynamique du lysozyme en solution, par simulation numérique et diffusion de neutrons

par Véronique Hamon

Thèse de doctorat en Biologie et biophysique moléculaires et cellulaires

Sous la direction de Gerald Reinhard Kneller.

Soutenue en 2004

à Orléans .


  • Résumé

    Afin d'explorer l'effet d'une pression hydrostatique non dénaturante (entre 1 bar et 3 kbar) sur les mouvements internes du lysozyme, deux approches sont conjuguées dans cette étude : des simulations de dynamique moléculaire et des expériences de diffusion quasiélastique de neutrons, qui renseignent sur les corrélations spatiales et temporelles des mouvements atomiques sur les mêmes échelles de temps (de 0. 1 ps à 10 ns) et de distance (de 0. 5 Å à 20 Å). Le système simulé est constitué d'une molécule de lysozyme dans une boîte de 3403 molécules d'eau, placé dans l'ensemble isobare-isotherme. Les expériences de diffusion de neutrons sont pratiquées sur une solution de lysozyme à une concentration de 60 mg/ml. Les simulations montrent une diminution du volume du lysozyme ainsi qu'un raccourcissement des liaisons hydrogène avec l'augmentation de la pression. Les effets induits par la pression sur la dynamique interne du lysozyme simulé sont de faible amplitude et se traduisent par une légère diminution de la partie quasiélastique de la fonction de diffusion, diminution difficilement mise en évidence dans les résultats expérimentaux. Par contre, il a été possible de reproduire de façon satisfaisante le profil des spectres expérimentaux à partir des simulations et d'utiliser le modèle théorique dit fractionnaire pour rendre compte de la multiplicité des temps de relaxation qui caractérisent la dynamique interne du système complexe que constitue une protéine. Ce travail sur le lysozyme, protéine non adaptée à la pression, pourrait servir de référence pour des travaux similaires sur des protéines barophiles.

  • Titre traduit

    Influence of pressure on the dynamics of lysozyme in solution, by numerical simulation and neutron scattering


  • Pas de résumé disponible.

Autre version

Cette thèse a donné lieu à une publication en 2005 par [CCSD] [diffusion/distribution] à Villeurbanne

Influence de la pression sur la dynamique du lysozyme en solution, par simulation numérique et diffusion de neutrons

Consulter en bibliothèque

La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 136 p.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 125-136

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université d'Orléans. Service commun de la documentation.Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS 19-2004-47
Voir dans le Sudoc, catalogue collectif des bibliothèques de l'enseignement supérieur et de la recherche.