Les fonctions biologiques moléculaires : représentation et modélisation des connaissances

par Pierre Mazière

Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé. Chimie et biologie de la santé

Sous la direction de Claude Granier et de Franck Molina.


  • Résumé

    Avec l'évolution des sciences du vivant, divers aspects ont été rattachés à la. Notion de fonctions biologiques. Depuis les fonctions anatomiques des organes jusqu'aux réactions chimiques catalysées par des enzymes, un même terme désigne encore aujourd'hui des propriétés n'appartenant pas aux mêmes échelles d'observation. Le flou introduit par cette hétérogénéité transparaît au travers des nombreuses bases de connaissance apparues ces dernières années. La représentation, des propriétés fonctionnelles des, molécules du vivant combine différentes méthodes dans l'objectif de décrire l'ensemble des aspects liés à la notion de fonctions biologiques. Pour autant, même combinées les unes aux autres, aucune ne parvient réellement à retranscrire la connaissance présente dans la littérature scientifique. Il en résulte une faible capacité à exploiter ces informations dans le cadre de travaux réalisés à grande échelle, tels que ceux rendus possibles par l'avènement des technologies dites à haut-débit. Si les approches analytiques ont permis d'élucider le fonctionnement de certains mécanismes biologiques en détaillant les propriétés fonctionnelles des molécules qui les réalisent, elles semblent demeurer inefficaces dans le cadre de l'intégration de ces mécanismes au sein, d'un système biologique complexe telle que la cellule. Après une revue des différents aspects se cachant derrière le terme fonctions biologiques, ce document s'attache à montrer la nécessité d'un changement de paradigme dans le but d'améliorer la retranscription des connaissances fonctionnelles 'associées à un système biologique comme la cellule. Au point de vue analytique, posant la question "de quoi est fait un système biologique ?", il semble intéressant de substituer le point de vue systémique: "que fait un système biologique ?". La concrétisation de cette évolution est illustrée par la présentation de deux composants importants du projet SiliCell dont l'objectif, à terme, est de mettre en place un environnement de simulation des processus biologiques à l'échelle moléculaire et cellulaire: Biopsi : ce formalisme est proposé comme un complément à certaines méthodes utilisées actuellement pour décrire la connaissance liées aux processus biologiques. Biopsi est basé sur un ensemble fini d'actions élémentaires dont la combinaison permet de reconstituer la complexIté des processus biologiques. La connaissance fonctionnelle ainsi retranscrite est conciliable avec une exploitation directe des informations, en particulier par des outils informatiques. Deux exemples illustrent les possibilités de traitement rendus accessibles par l'utilisation de Biopsi : la comparaison de la répartition des actions élémentaires utilisées par des organismes de stade' évolutif différent; et la comparaison fonctionnelle du cycle de Krebs tel qu'il est réalisé dans divers organismes. SiliBase : cette base de connaissance met l'accent sur la description des processus biologiques liés aux entités moléculaIres permettant les mécanismes du vivant. Elle exploite les propriétés d'organisation des connaissances fonctionnelles offertes par Biopsi et met en place plusieurs concepts permettant de valoriser les informations qu'elle présente.

  • Titre traduit

    Molecular biological functions : knowledge modeling and represantation


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Informations

  • Détails : 1 vol. (280 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliographie f 269-280

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire. Section Pharmacie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TP 2004.MON-20
  • Bibliothèque : Bibliothèque interuniversitaire de santé (Paris). Pôle pharmacie, biologie et cosmétologie.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : MFTH 6962
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