Bioinformatique des puces à ADN et application à l'analyse du transcriptome de Buchnera aphidicola

par Nancie Reymond

Thèse de doctorat en Bio-informatique

Sous la direction de Jean-Michel Fayard et de Hubert Charles.

Soutenue en 2004

à Villeurbanne, INSA .


  • Résumé

    L’objectif de cette thèse est l’étude par la technologie des puces à ADN, du transcriptome de la bactérie Buchnera aphidicola, qui vit en symbiose avec le puceron du pois Acyrthosiphon pisum. Le génome extrêmement réduit de Buchnera a perdu l’essentiel de ses gènes de régulation, mais conserve les voies de biosynthèse permettant la production des acides aminés essentiels pour son hôte. La première partie de cette thèse concerne le développement du logiciel ROSO, qui permet de déterminer les sondes oligo-nucléotidiques destinées aux puces. Une interface a été conçue pour son utilisation en ligne (http://pbil. Univ-lyon1. Fr/roso). Dans une seconde partie, la conception et l’utilisation d’une puce dédiée à Buchnera ont permis d’étudier le transcriptome de la bacté-rie, lorsque son hôte subit un stress nutritionnel et osmotique. Cette analyse montre que Buchnera est capable de réguler son ex-pression génique et de réorienter son métabolisme, pour répondre à la demande changeante de son hôte.

  • Titre traduit

    Bioinformatics of microarrays and application to the transcriptome analysis of Buchnera aphidicola


  • Résumé

    The aim of this thesis is the study of the transcriptome of the bacterium Buchnera aphidicola, the primary endosymbiont of the pea aphid, Acyrthosiphon pi-sum, by microarray technology. The high interdependance between Buchnera and the aphid caused modifications of the bacterial genome, including loss of most regulatory genes. However, Buchnera retained the biosynthesis pathways, for the production of essential amino acids to its host. The first part of this the-sis relates to the development of ROSO, a software to design optimized oligonucleotide probes for microarrays. An interface was conceived to allow its use on line (http://pbil. Univ-lyon1. Fr/roso). In the second part, the design and the use of a chip dedicated to Buchnera allowed to study the bacterial transcrip-tome, under nutritionnal and osmotic stress in the diet of the aphid. This analysis shows that Buchnera is able to modify its gene expression and to adapt its metabolism to answer to changing demand of its host.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (323 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 273-306. Publications de l'auteur p. 269-270

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Institut national des sciences appliquées (Villeurbanne, Rhône). Service Commun de la Documentation Doc'INSA.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : C.83(2858)
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