Un regard critique sur l'analyse du transcriptome

par Alessandra Riva

Thèse de doctorat en Biologie cellulaire

Sous la direction de Alain Hénaut.

Soutenue en 2004

à Evry-Val d'Essonne .


  • Résumé

    Le travail analyse la contribution des expériences de transcriptome à la biologie in silico et étudie leur complémentarité avec les méthodes classiques de bioinformatique. Trois études comparatives ont été réalisées et les conclusions sont les suivantes : Quand il existe une base expérimentale solide, la génomique (associée au data mining) peut être employée avec succès pour répondre aux questions. Le transcriptome apporte des informations secondaires. L'analyse du transcriptome ne permet pas de résoudre les problèmes dus à l'imprécision des informations génomiques. L'analyse du transcriptome fournit directement des listes de gènes qui co-varient. Ces listes montrent le plus souvent une réelle cohérence biologique. La génomique apporte des informations secondaires. L'identification du rôle physiologique d'un groupe de gènes nécessite la combinaison d'informations fournies à la fois par le transcriptome et par le data mining.


  • Résumé

    This work looks at the contribution the transcriptomic approach makes to in silico biology and studies its complementarity to the classic bioinformatics approach. Three comparative studies were carried out and the conclusions are as follows: Where it possesses a sound base to work from, the genomic approach (with data mining) can be usefully employed to answer questions. The transcriptome plays a secondary role. In domains where the genomic approach is less certain, transcriptome analyses do not seem to make a determining contribution. Transcriptome analyses can provide us directly with lists of genes that co-vary (and therefore lists likely to be biologically coherent). Here the genomic approach only provides supplementary information. For the identification of the physiological role of a group of genes, the data mining and the transcriptomic approaches were compared. The information provided by the two is not identical: it is complementary.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (Pagination multiple [57 p.])
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Notes bibliogr.

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