Contribution bioinformatique à la recherche de facteurs génétiques d'une maladie multifactorielle, la polyarthrite rhumatoïde

par José Osorio y Fortéa

Thèse de doctorat en Bio-informatique

Sous la direction de François Cornélis.

Soutenue en 2004

à Evry-Val d'Essonne .


  • Résumé

    Cette thèse propose une méthodologie bioinformatique en 3 étapes pour la recherche de facteurs génétiques impliqués dans une maladie multifactorielle, la polyarthrite rhumatoïde. La première étape consiste à l'analyse de liaison sur tout le génome avec un panel dense de marqueurs microsatellites. L'évaluation statistique de cette analyse a été réalisée à l'aide de 10000 simulations assistées par ordinateur. Cela a permis de décrire des régions " chaudes " et d'estimer le nombre de faux positifs. Par ailleurs, l'hétérogénéité clinique et génétique de la maladie a été testée en incluant des covariables dans l'analyse. La seconde étape consiste au classement hiérarchique des gènes candidats avec la nouvelle méthode GenScore qui intègre une composante biologique et une composante statistique. Enfin, la dernière étape consiste à l'analyse de gènes candidats avec la nouvelle méthode " twin-like " définie grâce aux données de liaison.


  • Résumé

    This thesis describes a 3 step bioinformatics approach for the genetic dissection of a complex trait, rheumatoid arthritis. The first step consisted in a whole genome linkage analysis using a dense set of microsatellite markers. The statistical assessment of the linkage outcome was performed with 10,000 computer simulations. This allowed to describe the suggested regions and to estimate the number of false positives. Moreover, covariates were included in the analysis in order to test clinical and genetic disease heterogeneity. The second step consisted in candidate gene ranking with a new method, GenScore, that integrated a biological component and a statistical component. Finally, the last step consisted in the association analysis of candidate genes using a new approach, " twin-like ", that takes into account linkage information.

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Informations

  • Détails : 1 vol. ( 259 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 249-259

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  • Bibliothèque : Université d'Evry-Val d'Essonne. Service commun de la documentation. Bibliothèque centrale.
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  • Cote : 004.015 7 OSO con
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