Algorithms for decomposition of bio-molecular networks

par Julien Gagneur

Thèse de doctorat en Mathématiques appliquées

Sous la direction de Christian Saguez.

  • Titre traduit

    Algorithmes de décomposition de réseaux bio-moléculaires


  • Résumé

    Les réseaux d'interactions bio-moléculairesà l'échelle de la cellule sont complexes. Définir des abstractions sur ces réseaux permet d'en avoir à la fois une meilleure vue d'ensemble et une meilleure compréhension. C'est ce que permettent les décompositions de réseaux. Cette thèse propose des algorithmes de décomposition pour deux types de réseaux: les réseaux métaboliques et les réseaux d'interaction de protéines. Ces algorithmes, de complexité polynomiale, sont rapides et applicables à l'échelle de la cellule comme cela est illustré sur Escherichia coli pour les réseaux métaboliques et sur la levure pour les réseaux d'interactions de protéines. Pour les décompositions de réseaux métaboliques, un cadre basé sur la notion d'encapsulation est introduit. Il fournit une méthode générale pour définir des sous-sytèmes de manière hiérarchique et rend possible une approche de type "diviser pour régner" au calcul des modes de flux élémentaires. Pour les réseaux d'interactions de protéines, des abstractions appelées modules sont introduites menant aussi à une décomposition hiérarchique. Cette dernière décrit les règles logiques suivies par les protéines lorsqu'elles s'assemblent et forment des complexes. Ces travaux sont supportés par des implémentations des algorithmes présentés et par leurs applications à l'analyse de réseaux réels.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (96 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. 103 références

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  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : TH 62514
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