Adhésion-agrégation et dégradation des particules virales dans une eau minérale : cas d'enterovirus, de norovirus et de vesivirus

par Benoît Gassilloud

Thèse de doctorat en Biologie santé environnement. Chimie et microbiologie de l'eau

Sous la direction de Louis Schwartzbrod et de Christophe Gantzer.


  • Résumé

    L'objectif du travail est de déterminer le devenir de particules virales infectieuses et de leur génome dans des eaux souterraines (eau minérale). Trois virus ont été utilisés comme modèles: deux virus entériques pathogènes pour l'homme, le Poliovirus de type l et un Norovirus (NV ober98) responsable de gastro-entérites chez l'homme ainsi qu'un virus pathogène pour le chat: le Vesivirus FCV-j9 parce qu'il appartient, comme le Norovirus à la famille des Caliciviridae et qu'il est cultivable sur cultures cellulaires in vitro, ce que ne sont pas les Norovirus. L'eau dans laquelle s'est déroulée toute l'expérimentation a une composition physico-chimique très proche des eaux minérales commercialisées. Elle provient d'un forage effectué dans le grès vosgien situé au Nord-Est de la France. Par rapport à la classification des eaux minérales, elle peut être qualifiée d'eau faiblement minéralisée à dominante bicarbonatée et sulfatocalcique. Le travail expérimental comporte quatre parties : La première est consacrée à des mises au point méthodologiques notamment à la construction d'étalons internes" Enterovirus et Norovirus", à la validation de protocoles de RT-PCR quantitative ciblant le Poliovirus 1, le Vesivirus felin (FCV-f9) et un Norovirus (NV ober98), et à la concentration du Vesivirus à partir des eaux. La deuxième est constituée par l'estimation de la contamination virale de diverses eaux souterraines. Celle-ci a été réalisée sur des eaux de nature (eaux de sources et eaux minérales), de composition chimique et de provenance géographique différentes lors de quatre saisons distinctes. Aucun génome d'Enterovirus, ni de Norovirus génogroupe I et génogroupe Il n'a pu être détecté sur l'ensemble des échantillons testés. Ces résultats négatifs ont tous été validés par la présence d'un signal positif de l'étalon interne. La troisième traite de l'adhésion-agrégation des virus dans les eaux et sur les supports. La quatrième est consacrée à l'étude du devenir des virus infectieux et de leur génome dans les eaux en fonction de la nature de l'eau, de la température et de la taille des fragments génomiques recherchés. Les résultats mettent clairement en évidence que : - la majorité des virus est adsorbée via leur capside sur la paroi du support. Ce processus est favorisé par un pH inférieur ou égal au pHi du virus, par la présence d'ions bivalents (MgCI2), par l'hydrophobicité et la présence d'aspérités au niveau de la paroi des supports. En revanche, ces phénomènes sont inhibés par la présence de matière organique. Enfin la flore hétérotrophe naturelle de l'eau minérale n'a aucune influence sur ces phénomènes d'adhésion. - la persistance du pouvoir infectieux est dépendante du sérotype considéré et de la température du milieu. Ainsi quelle que soit la température (10ʿC, 20ʿC et 35ʿC), le Poliovirus 1 infectieux est toujours plus résistant que le FCV-j9. Cependant, l'augmentation de la température de l0ʿC à 35ʿC provoque une accélération de la perte du pouvoir infectieux quel que soit le sérotype considéré - la persistance du génome viral dépend du sérotype considéré, de la température et de la taille du fragment génomique détecté. - le génome viral encapsidé n'est pas dégradé sur une période de 140 jours à des températures de l0ʿC et 20ʿC en eau minérale additionnée de matière organique - il n'y a pas d'identité de comportement du génome et des particules virales infectieuses. La persistance du génome viral est en effet toujours plus importante que celle du pouvoir infectieux et ceci quel que soit le milieu considéré, le sérotype (Poliovirus 1 ou FCV-j9), la température, la taille du fragment du génome détecté (76 bases jusqu'à 6989 bases).


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Informations

  • Détails : 203 f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 178-203

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université de Lorraine (Nancy, Meurthe-et-Moselle). Direction de la Documentation et de l'Edition - BU Santé - Pharmacie-Odontologie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : T/D/P/N/2003/12
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