Une approche générique pour l'alignement multiple et la reconstruction de phylogénies

par Gilles Parmentier

Thèse de doctorat en Recherche opérationnelle. Combinatoire et optimisation

Sous la direction de Denis Trystram.

Soutenue en 2003

à Grenoble, INPG .

    mots clés mots clés


  • Résumé

    La génomique comparative est au centre de la biologie moléculaire et est un moteur de la bioinformatique. Parmi les outils utilisés dans ce domaine se trouvent la comparaison de séquences et les arbresd'évolution. Dans ce travail de thèse, nous proposons une approche simultannée del'alignement multiple et de la reconstruction de phylogénies. Pour cela,nous avons conçu une "méta-heuristique" basée sur un schéma itératif. Nous proposons dans ce cadre une fonction de score basée surl'arborescence servant à guider l'alignement. Nous montrons sur des jeuxde données réels et simulés les gains obtenus sur la qualité del'alignement multiple. Enfin, nous offrons quelques perspectives deparallélisation de cette application sur des clusters de PCs, permettant ainsi d'envisager le traitement de grands jeux de données.


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Informations

  • Détails : VIII-143 p.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 133-143

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  • Bibliothèque : Service interétablissements de Documentation (Saint-Martin d'Hères, Isère). Bibliothèque universitaire de Sciences.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : TS03/INPG/0047
  • Bibliothèque : Service interétablissements de Documentation (Saint-Martin d'Hères, Isère). Bibliothèque universitaire de Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS03/INPG/0047/D
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