Analyse de généalogies complexes pour l'estimation des génotypes : application à l'étude de la résistance génétique à la tremblante

par Zulma Gladis Vitezica

Thèse de doctorat en Génétique animale

Sous la direction de Jean-Michel Elsen.

  • Titre traduit

    Analyze of complex pedigrees for estimating genotypes : application to the study of genetic resistance to scrapie.


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    En theorie, la vraisemblance d'un pedigree peut etre calculee efficacement, en utilisant une approche appelee "l'epluchage". D'un point de vue calculatoire, une genealogie devient complexe quand elle presente de nombreuses boucles. Une boucle se produit quand il est possible en partant d'un individu donne, de revenir a cet individu en parcourant la genealogie, sans passer deux fois par le meme chemin. Une strategie consiste a couper les boucles en copiant un des individus participants, appele "loop breaker" (lb). L'objectif de cette these est de proposer des methodes pour la selection de lb, et d'employer cette approche dans le calcul exact des vraisemblances. Dans ce cadre, nous avons developpe un algorithme approche sfh (s-forest heuristic). Notre algorithme a ete compare a la methode appliquee dans fastlink 4. 1 p et il a donne de meilleurs resultats en termes de temps de calcul, de qualite de l'ensemble de lb obtenu, et de taille du probleme qui peut etre aborde.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (125 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. 108 réf.

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