Analyse de généalogies complexes pour l'estimation des génotypes : application à l'étude de la résistance génétique à la tremblante

par Zulma Gladis Vitezica

Thèse de doctorat en Génétique animale

Sous la direction de Jean-Michel Elsen.


  • Résumé

    En theorie, la vraisemblance d'un pedigree peut etre calculee efficacement, en utilisant une approche appelee "l'epluchage". D'un point de vue calculatoire, une genealogie devient complexe quand elle presente de nombreuses boucles. Une boucle se produit quand il est possible en partant d'un individu donne, de revenir a cet individu en parcourant la genealogie, sans passer deux fois par le meme chemin. Une strategie consiste a couper les boucles en copiant un des individus participants, appele "loop breaker" (lb). L'objectif de cette these est de proposer des methodes pour la selection de lb, et d'employer cette approche dans le calcul exact des vraisemblances. Dans ce cadre, nous avons developpe un algorithme approche sfh (s-forest heuristic). Notre algorithme a ete compare a la methode appliquee dans fastlink 4. 1 p et il a donne de meilleurs resultats en termes de temps de calcul, de qualite de l'ensemble de lb obtenu, et de taille du probleme qui peut etre aborde.

  • Titre traduit

    Analyze of complex pedigrees for estimating genotypes : application to the study of genetic resistance to scrapie.


  • Résumé

    In theory, the likelihood of a pedigree can be calculated effectively, by using an approach called "peeling". From a computational point of view, a pedigree becomes complex when it has many loops. A loop in a pedigree occurs when, by a continuous path, it is possible to start at a given individual and to end back at the original individual without retracing the path. A strategy consists in cutting the loops by copying one of the participating individuals, called "loop breaker" (lb). The objective of this thesis is to propose methods for the selection of lb, and to use this approach in the exact calculation of probabilities. Within this framework, we developed an approximate algorithm sfh (s-forest heuristic). Our algorithm was compared with the method implemented in fastlink 4. 1 p and it gave better results in terms of computational-time, quality of the lb set obtained, and size of the problem that can be solved.

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Informations

  • Détails : 1 vol. (125 f.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. 108 réf.

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