Rhizobium leguminosarum biovar trifolii indicateur microbien de l'effet d'applications répétées de traitements fongicides à base de cuivre dans les sols viticoles

par Sophie Hachair

Thèse de doctorat en Sciences de l'environnement. Ecologie microbienne

Sous la direction de Rémi Chaussod et de Gisèle Laguerre.

Soutenue en 2003

à Dijon .


  • Résumé

    Les effets de teneurs élevées en cuivre ont été étudiés sur les populations naturelles de R. Leguminosarum bv. Trifolii de sols viticoles nodulant le trèfle souterrain (53 à 445 mg de Cu kg-1 sol sec). Le nombre de bactéries varie de 105 à moins de 101 g-1 sol, les sols les plus contaminés refermant des populations faibles. La structure génétique des populations issues de 7 sols viticoles et d'une parcelle enherbée a été caractérisée par analyse PCR-RFLP de l'ADNr 16S-23S. Un type ITS prédominant dans les sols les moins contaminés par le cuivre devient minoritaire dans les sols les plus contaminés, alors qu'un autre type ITS prédomine. Des différences de diversité génétique sont également observées pour des gènes de fonction impliqués dans la symbiose (nodC et nifH). Ces modifications génomiques diminueraient l'efficacité de la fixation biologique de l'azote atmosphérique avec le trèfle souterrain qui pourrait affecter la fertilité des sols viticoles les plus contaminés par le cuivre.

  • Titre traduit

    Rhizobium leguminosarum biovar trifolii bioindicator to assess impacts of copper stress in vineyard soils


  • Résumé

    The effects of copper contamination on indigenous R. Leguminosarum bv. Trifolii populations nodulating subclover was studied by sampling vineyard soils (from 53 to 445 mg kg-1). The size of the rhizobial populations varied from 105 to less than 101 cells g-1 soil , the lowest numbers being found for the most Cu-contaminated plots. The genetic structure of rhizobial populations was characterized by PCR-RFLP of the intergenic spacer region between the 16S and 23S rRNA genes (ITS). One ITS type predominated in the less Cu-contaminated soils and its frequency was significantly lower in the soils with the highest Cu contents in which another type predominated. Effectiveness in nitrogen fixation with clover plants was related to the symbiotic genotypes (nodC and nifH), isolates with genotype that predominate in the most Cu-contaminated soils being less effective than others. Consequently, high copper contents in vineyard soils might negatively affect soil fertility.

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Informations

  • Détails : 199 f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 141-166

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  • Bibliothèque : Université de Bourgogne. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Non disponible pour le PEB
  • Cote : TDDIJON/2003/27
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