Approches culturales et moléculaires de la diversité bactérienne associée aux sédiments marins profonds (LEG 190, ODP)

par Laurent Toffin

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Daniel Prieur.

Soutenue en 2003

à Brest .


  • Résumé

    Depuis une quinzaine d'années, une étude des sédiments marins profonds a montré la présence de communautés microbiennes étonnement importante. La diversité bactérienne cultivable de sédiments profonds de la fosse Nankai (site 1173, Leg 190, ODP) a été suivie grâce à l'analyse de l'ARNr 16S. L'utilisation de la technique d'empreinte génétique en DGGE nous a permis de contrôler une évolution des populations cultivables dans différentes conditions de cultures non- sélectives (dilution de l'inoculum et concentrations croissantes de sources carbonées). Cette étude a montré la présence d'une microflore cultivable dominante de type anaérobie facultative, composée de souches bactériennes capables d'utiliser différents accepteurs terminaux d'électron. Des bactéries ont été isolées des niveaux sédimentaires situés à 4 et 300 m sous le plancher océanique et à 25, 50 et 70;C. La caractérisation de leur métabolisme respectif nous renseigne sur une activié et la survie des bactéries profondément enfouies dans les sédiments océaniques. L'analyse phylogénétique de l'ARNr 16S montre la présence de Firmicutes, de Proteobacteria gamma, delta et epsilon et quelques séquences affiliées aux CFB et aux Spirocheates. L'origine des cellules dans les sédiments du site 1173 de la fosse Nankai est incertaine mais une migration verticale à partir des habitats de surface ne peut être exclue.

  • Titre traduit

    Cultural and molecular approaches of microbial diversity in deep marine sediments (LEG 190, ODP)


  • Résumé

    During the past 15 years, investigations on deep marine sediments have shown abundant microorganisms in deeply buried oceanic sediments. Bacterial diversity in Nankai Trough (site 1173, ODP, leg 190) was estimated trough cultivation and 16S rRNA analysis. Non-selective enrichment cultures were also performed in order to investigate the effects of organic carbon concentrations and inoculum dilution on microbial diversity in enrichment cultures. Moreover, to avoid bias due to strain isolation, we combined traditional cultivation methods with 16S rRNA gene based techniques. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of PCR-amplified 16S rRNA gene fragments was used to monitor the changes in culturable bacterial populations. Isolates were obtained at 4 and 300 meters below the seafloor from Nankai Trough. Pures cultures of fermentatives anaerobic heterotroph were isolated at 25, 50 and 70!C. Sequences analysis revealed 6 groups of bacterial 16S rDNAs related mostly to the Firmicutes and Proteobacteria gamma, delta and epsilon subdivision and few were identified as CFB and Spirochaetales. Metabolism and growth characteristics of three new species were determined and confirmed their adaption to deep environements.

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Informations

  • Détails : 385 f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 362-376

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  • Cote : TBRE2003/11
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  • Cote : E610- TOF-A

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