L' échange isotopique hydrogène/deutérium et la spéctrométrie de masse pour l'étude d'interactions protéine-protéine

par Alexis Nazabal

Thèse de doctorat en Sciences. Chimie analytique

Sous la direction de Jean-Marie Schmitter.

Soutenue en 2003

à Bordeaux 1 .

  • Titre traduit

    Hydrogen/deuterium exchange and mass spectrometry for the structural study of protein interactions


  • Pas de résumé disponible.


  • Résumé

    Le travail de thèse est consacré au développement et à l'application d'une méthodologie qui permet d'obtenir par spectrométrie de masse des informations sur la façon dont les sous unités d'un complexe protéique sont agencée ainsi que sur la conformation adopté par les sous-unités. La méthodologie utilisée est basée sur le remplacement des hydrogène amides mobiles des liaisons peptidiques lors de la mise en présence séquentielle des protéines dans de l'eau lourde et de l'eau légère. Le temps qu'il faut pour réaliser ces échanges varie avec l'accessibilité des hydrogènes et leur engagement plus ou moins poussé dans les liaison hydrogènes. Pour mesurer ces temps nécessaire à l'échange en divers points de la protéine, il faut soumettre celle-ci à une digestion enzymatique qui génère des peptides dont la masse moléculaire est mesurée dans des expériences de couplage chromatographie-spectrométrie de masse (LC-MS). On différentie ainsi les zones de la protéine en terme d'accessibilité différentes et de structure 3D différentes. Le manuscrit présente ensuite un travail de mise au point de la méthodologie sur la sous-unité e du complexe F1 ATPase de Saccharomyces Cerevisiae. Les interactions de la sous unité e ont été étudiées. Cette partie à permis de mettre au point une méthode de micro-chromatographie ZIPTIP qui nécessite des quantités de matériel très réduite par rapport aux méthodes décrites dans la littérature. Cette partie à donc permis d'évaluer la pertinence de l'approche pour l'étude des interactions au sein d'un complexe hétéro-oligomérique par échange H/D. La méthodologie a ensuite été utilisé pour l'étude structurale de la protéine prion HET-s de Podospora Anserina. L'étude par LC-MS à nano-débit à permis de déterminer les taux d'échange pour 87% de la séquence peptidique. L'interprétation des résultat montre une forte diminution de l'incorporation de deutérium dans la partie C-terminale de la protéine lorsque celle-ci est agrégée en fibre amyloïdes ce qui suggère que la partie 240-295 de la protéine HET-s est fortement impliquées dans les interactions au sein de la fibre amyloïde.

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Informations

  • Détails : 143-[21] f.
  • Notes : Reproduction de la thèse autorisée
  • Annexes : Notes bibliogr.

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  • Bibliothèque : Université de Bordeaux. Direction de la Documentation. Bibliothèque Sciences et Techniques.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : FTA 2713

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