Criblage virtuel de grandes bases de données : validation de méthodes et applications en chimie thérapeutique et en toxicologie

par Nadège Piclin

Thèse de doctorat en Chimie. Bioinformatique

Sous la direction de Jacques R. Chrétien.

Soutenue en 2002

à Orléans .


  • Résumé

    Les procédures de Database Mining (DBM) sont en plein développement pour exploiter la totalité de l'information biochimique contenue dans les grandes bases de données et prédire l'activité biologique de nouveaux composés en vue du criblage virtuel. L'apport fondamental de ce travail a été de contribuer à la validation d'une stratégie globale de DBM, développée par ailleurs et basée essentiellement sur trois concepts: (i) la sélection des descripteurs moléculaires par une approche combinée intégrant à la fois les Algorithmes Génétiques et la procédure Stepwise; (ii) une projection bidimensionnelle de l'hyperespace des descripteurs par le biais des cartes auto-organisatrices de Kohonen (SOM), qui permettent aussi un choix rationnel de l'ensemble de composés sur lequel établir des modèles structure - activité; (iii) l'application de diverses méthodes issues de la Logique Floue en vue d'implémenter des modèles robustes de classification et de prédiction. Ces techniques peuvent être combinées aux cartes de Kohonen, mais sont aussi applicables à l'hyperespace d'origine des descripteurs, en réduisant la perte d'information due à la projection bidimensionnelle. Simultanément, pour vérifier la portée générale de notre stratégie de DBM dans différents domaines de recherche, plusieurs bases de données concernant les activités des agents anticancéreux et l'écotoxicité de diverses classes de produits chimiques ont été exploitées. L'ensemble des résultats obtenus montre la puissance des méthodes proposées à traiter simultanément plusieurs mécanismes pharmacologiques ou des séries de composés toxiques distribués dans de larges intervalles de toxicité.

  • Titre traduit

    Virtual screening of large databases : method validation and application to medicinal chemistry and toxicity


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Informations

  • Détails : 164 f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 130-141

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  • Bibliothèque : Université d'Orléans. Service commun de la documentation.Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS 19-2002-44
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