Contribution à l'étude de la diversité bactérienne dans l'environnement atmosphérique dans le cadre d'études de défense contre les armes biologiques

par Vincent Ramisse

Thèse de doctorat en Sciences. Evolution, écosystème, microbiologie, modélisation

Sous la direction de Philippe Normand.

Soutenue en 2002

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Philippe Normand.


  • Résumé

    Les armes biologiques constituent une menace qui est sérieusement prise en compte par les autorités civiles et militaires. Les acteurs dans ce domaine sont confrontés à trois difficultés au moins. Premièrement, bien que la liste des nombreux agents susceptibles de pouvoir être utilisés soit définie, nul ne sait à priori lequel de ces micro-organismes pathogènes serait utilisé lors d'une agression. Deuxièmement, face à un micro-organisme pathogène qui serait identifié dans un contexte de crise, il est impératif, pour des raisons politiques et/ou de santé publique, de fournir en quelques heures seulement les informations susceptibles d'identifier le micro-organisme au niveau de la souche. Enfin, les vecteurs potentiels d'une attaque bio terroriste par exemple, l'eau potable, la chaîne alimentaire, le courrier, l'atmosphère (en enceintes confinées ou non), ne font pas l'objet d'une surveillance microbiologique orientée vers les agents de la menace bio-terroriste. L'eau potable par exemple est l'objet de protocoles spécifiques de surveillance destinés à permettre une identification au niveau de l'espèce des principales bactéries pathogènes du tube digestif. L'environnement atmosphérique est susceptible de véhiculer diverses bactéries pathogènes par voie respiratoire et devrait idéalement pouvoir faire l'objet d'une surveillance par des systèmes ad hoc de détection et d'analyse biologique. Il existe actuellement relativement peu de données sur la composition microbiologique normale de l'atmosphère. Pourtant, la maîtrise des fausses alertes et le choix a priori de méthodes de détection dépendent largement de la connaissance de ce milieu de transit pour de nombreuses bactéries de l'environnement. Dans cette perspective, le premier volet de ce travail a consisté à dénombrer les micro-organismes totaux de quelques milliers d'échantillons issus d'un projet de collecte d'échantillons atmosphériques réalisé en 2001. Dans un deuxième volet, une méthode d'hybridation ADN-ADN inverse sur macroarray a été évaluée en mettant l'accent plus particulièrement sur le genre Burkholderia. Le profil d'hybridation d'un ADN inconnu marqué, observé à partir des différents ADN de référence déposés sur le support, permet une identification au niveau de l'espèce. Enfin, des outils permettant l'identification précise de souches de B. Mallei et B. Pseudomallei ont été mis au point et validés sur une vingtaine de souches. Ces outils sont d'une part une séquence d'insertion (IS) présente à différents endroits du génome de ces deux espèces, et d'autre part le typage de répétitions en tandem.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (189 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 170-187 et notes bibliographiques dans chaque article

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  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : T50/210/2002/106bis
  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
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