Amélioration et optimisation des méthodes non-invasives et des marqueurs microsatellites en biologie des populations et de la conservation

par Nathaniel Valière

Thèse de doctorat en Sciences

Sous la direction de Dominique Pontier et de Dominique Mouchiroud.

Soutenue en 2002

à Lyon 1 .

Le président du jury était Dominique Mouchiroud.

Le jury était composé de Dominique Pontier.


  • Résumé

    Les récentes avancées en Biologie Moléculaire ont entraîné également des avancées en Biologie des Populations et de la Conservation, La mise au point de la Polymerase Chain Reaction, (PCR) a ainsi permis d'utiliser des échantillons ne contenant qu'une très faible quantité d'ADN. On peut désormais récolter des fèces ou des poils pour en extraire de l'ADN et pouvoir typer génétiquement les échantillons grâce, par exemple, à des marqueurs microsatellites. Cet échantillonnage non-invasif constitue une stratégie intéressante pour étudier des populations ou des espèces discrètes, rares ou en danger. Néanmoins, les faibles quantités et qualité de l'ADN associées aux inhibiteurs de PCR peuvent entraîner des erreurs de génotypage et ainsi biaiser l'identification des individus. Aussi des mises au point et des optimisations doivent être menées avant de commencer une étude à grande échelle. Nous allons voir dans ce mémoire qu'il est possible d'optimiser l'utilisation des échantillon non-invasifs et des microsatellites. Ceci sera réalisé autour des trois grandesétapes d'une étude: l'échantionnage, le génotypage et l'analyse des données. A chacune de ces étapes, des articles seront présentés. Nous aborderons ainsi: *- l'utilité de l'échantillonnage non -invasif pour étudier la colonisation du loup (Canis lupus) en France et en Suisse. *- la mise au point de l'extraction d'ADN à partir d'urine récoltée dans la neige, *-le développement d'un logiciel permettent de déterminer la stratégie d'une étude de population basée sur l'identification individuelle, * -l'utilité de la répétition des amplifications PCR our chaque échantillon et locus (approche multitubes) pour confirmer les génotypes (application avec le logiciel sus-cité), *-une comparaison (basée sur des simulations avec le logiciel sus-cité) des méthodes d'estimation de la taille de population, *-le développement d'un logiciel d'analyse des données d'identification individuelle.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (177 p.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 139-161

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  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : T50/210/2002/56BIS
  • Bibliothèque : Université Claude Bernard (Villeurbanne, Rhône). Service commun de la documentation. BU Sciences.
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