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des thèses françaises
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Représentation des connaissances en cartographie comparée des génomes : le modèle de GeMCore
| Auteur / Autrice : | Gisèle Bronner |
| Direction : | François Rechenmann, Christian Gautier |
| Type : | Thèse de doctorat |
| Discipline(s) : | Sciences |
| Date : | Soutenance en 2002 |
| Etablissement(s) : | Lyon 1 |
| Jury : | Examinateurs / Examinatrices : François Rechenmann, Christian Gautier |
Mots clés
Résumé
La cartographie comparée nous permet d'étendre nos connaissances sur les génomes, en particulier des génomes d'organismes "modèles" vers les génomes d'espèces d'intérêt. Elle permet également de comparer des données génomiques sur la base de leur localisation et ainsi d'analyser les mécanismes évolutifs et fonctionnels à l'échelle des génomes. La démarche de la cartographie comparée en termes bioinformatiques est actuellement bridée par une modèlisation et des outils limités. Dans ce contexte, le système GeM (Genomic Mapping) développé au laboratoire constitue une approche nouvelle. GeM s'organise autour de la base de connaissances GeMCore pour la cartographie comparée, qui fait l'objet de cette thèse, associé à des interfaces graphiques dédiées à des domaines particuliers (médecine, agronomie, évolution). Le modèle de connaissance de GeMCore, de type objet-association, permet une description des objets de la cartographie comparée des génomes et de leurs relations. Ceux-ci sont décrits à travers trois classes principales : El'men, Map et Séquence. La modèlisation des positions relatives cartographiques est inspirée de l'algèbre de Allen. Une attention particulère a été portée à la représentation des relations évolutives, avec la distinction des relations d'homologie, d'orthologie et de paralogie. Ce modèle, implémenté avec le système de représentation des connaissances AROM, constitue la base de connaissances GeMCore. Celle-ci gère des données portant sur la nature des marqueurs, leur localisation cartographiques et leurs relations évolutives. Elle offre également un système de requêtes, utilisable par les interfaces de GeM. Les données intègrées dans GeMCore sont issues de la MGD, HUGO, LocusLink et Hovergen. L'apport de la représentation des connaissances au développement d'outils bioinformatiques pour la cartographie comparée des génomes et de manière plus générale pour l'explicitation des concepts de la biologie est discuté.