Détermination de la nature moléculaire de marqueurs inter-microsatellitaires ou ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) et utilisation pour l'identification variétale et l'analyse des relations phénétiques

par Benjamin Bornet

Thèse de doctorat en Biologie

Sous la direction de Michel Branchard.

Soutenue en 2002

à Brest .


  • Résumé

    Chez les eucaryotes, il existe un grand nombre de séquences répétées à l'origine de fort polymorphisme et parmi lesquelles les microsatellites ou SSR (Simple Sequence Repeat) sont majoritaires. Nous avons utilisé la présence de ces SSR, pour l'analyse du polymorphisme, par l'amplification de régions inter-microsatellitaires ou Inter Simple Sequence Repeat (ISSR). Ces travaux ont porté sur l'analyse fondamentale de ces régions génomiques ainsi que sur leur utilisation pour des études de la diversité génétique. Ces travaux ont montré la forte reproductibilité de l'amplification de marqueurs ISSR ainsi que la rapidité et l'efficacité de notre approche d'analyse du polymorphisme. Cette démarche consiste à n'utiliser qu'un petit nombre d'amorce, sans ou avec ancrage, mais dans des conditions d'amplifications optimales et spécifiques. Suite a ces tests, l'analyse de séquences nous a permis tout d'abord de valider la technique d'amplification puis de connaître la nature de 44 de ces régions d'ADN amplifiées par des amorces CAA, CAG, GACA et GATA. Il s'avère que la majorité des fragments (66 % sans considérer les microsatellites des extrémités) ont des homologies significatives avec des gènes caractérisés chez différentes espèces et codant principalement pour des protéines de liaison avec l'ADN. Les séquences inter-microsatellitaires ne seraient donc pas des régions anodines des génomes. L'analyse de la séquence de ces fragments a aussi révélé la présence, dans le génome du chou-fleur, de nombreuses zones très riches en SSR (ou " hot spot ") et s'est avérée être un très bon indicateur de la conservation des génomes entre les Brassica (cas du chou-fleur) et Arabidopsis thaliana. L'amplification de marqueurs ISSR a aussi été appliquée pour l'identification rapide, efficace et pertinente de différentes variétés ainsi que pour l'étude des relations intra et inter espèces, principalement chez des crucifères (Brassica et Arabidopsis thaliana) ou chez la pomme de terre (Solanum tuberosum).


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Informations

  • Détails : 145-[37] f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliographie f.124-144

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  • Bibliothèque : Université de Bretagne Occidentale. Service commun de la documentation Section Droit-Sciences-STAPS.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TBRE2002/3
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