Caractérisation du génome des ascovirus et de leurs relations phylétiques avec les autres familles de virus à grand génome ADN double brin
Auteur / Autrice : | Karine Stasiak |
Direction : | Georges Périquet, Yves Bigot |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Sciences de la vie |
Date : | Soutenance en 2001 |
Etablissement(s) : | Tours |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
Cette thèse présente l'étude de la structure du génome des Ascoviridae ainsi qu'une étude phylogénétique de cette famille dont le but a été de la positionner au sein des autres familles virales à grand génome ADNdb. Le génome des ascovirus est constitué d'une molécule d'ADN double brin circulaire, faiblement superenroulée. Tous les génomes d'ascovirus testés contiennent des séquences répétées, ainsi que des gènes répétés homologues aux gènes bro (baculovirus repeated open reading frame) des baculovirus. Une analyse en HPLC a également montré un très fort niveau de méthylation des cytosines chez DpAV-4a (76%), contrairement aux autres ascovirus (5%). La première analyse phylogénétique des ascovirus a été faite sur le gène de l'ADN polymérase. Elle montre que cette famille est très proche phylétiquement des iridovirus, et de façon plus éloignée, des asfavirus et des phycodnavirus. Cette parenté entre ascovirus et iridovirus a, par la suite, été confirmée par l'analyse des gènes de la protéine majeure de capside (MCP), de l'ATPase et de la thymidine kinase. Pour ces deux derniers gènes, les analyses montrent que même que les ascovirus auraient évolué à partir des iridovirus d'invertébrés. D'autres gènes, dont la fonction n'est pas identifiée mais trouvés spécifiquement chez ces deux familles virales, confirment ce résultat. Enfin, aux vues des ressemblances entre l'ascovirus DpAV-4a et les ichnovirus -morphologie des virions, réplication chez la guêpe endoparasitoi͏̈de, action immunomodulatrice chez le lépidoptère- la relation phylétique entre ces deux familles a été étudiée. L'analyse, effectuée sur le gène de la MCP, montre que les MCP des ichnovirus dérivent de celles des ascovirus. Par contre, aucun des gènes présents dans le génome de CsPDV ne présente d'homologue dans le génome des ascovirus ou des iridovirus. Cette observation suggère que les ichnovirus pourraient être de simples capsides virales utilisées par la guêpe comme vecteur de transfert de gènes.