Caractérisation du génome des ascovirus et de leurs relations phylétiques avec les autres familles de virus à grand génome ADN double brin

par Karine Stasiak

Thèse de doctorat en Sciences de la vie

Sous la direction de Georges Périquet et de Yves Bigot.

Soutenue en 2001

à Tours .


  • Résumé

    Cette thèse présente l'étude de la structure du génome des Ascoviridae ainsi qu'une étude phylogénétique de cette famille dont le but a été de la positionner au sein des autres familles virales à grand génome ADNdb. Le génome des ascovirus est constitué d'une molécule d'ADN double brin circulaire, faiblement superenroulée. Tous les génomes d'ascovirus testés contiennent des séquences répétées, ainsi que des gènes répétés homologues aux gènes bro (baculovirus repeated open reading frame) des baculovirus. Une analyse en HPLC a également montré un très fort niveau de méthylation des cytosines chez DpAV-4a (76%), contrairement aux autres ascovirus (5%). La première analyse phylogénétique des ascovirus a été faite sur le gène de l'ADN polymérase. Elle montre que cette famille est très proche phylétiquement des iridovirus, et de façon plus éloignée, des asfavirus et des phycodnavirus. Cette parenté entre ascovirus et iridovirus a, par la suite, été confirmée par l'analyse des gènes de la protéine majeure de capside (MCP), de l'ATPase et de la thymidine kinase. Pour ces deux derniers gènes, les analyses montrent que même que les ascovirus auraient évolué à partir des iridovirus d'invertébrés. D'autres gènes, dont la fonction n'est pas identifiée mais trouvés spécifiquement chez ces deux familles virales, confirment ce résultat. Enfin, aux vues des ressemblances entre l'ascovirus DpAV-4a et les ichnovirus -morphologie des virions, réplication chez la guêpe endoparasitoi͏̈de, action immunomodulatrice chez le lépidoptère- la relation phylétique entre ces deux familles a été étudiée. L'analyse, effectuée sur le gène de la MCP, montre que les MCP des ichnovirus dérivent de celles des ascovirus. Par contre, aucun des gènes présents dans le génome de CsPDV ne présente d'homologue dans le génome des ascovirus ou des iridovirus. Cette observation suggère que les ichnovirus pourraient être de simples capsides virales utilisées par la guêpe comme vecteur de transfert de gènes.

  • Titre traduit

    Caracterisation of the ascovirus genome and of their phylogenetic relationships with other virus families with a large double-stranded DNA genome


  • Résumé

    This work describes the molecular analysis of ascovirus. The first part presents the study of the ascovirus genome. This genome consists of a double-stranted circular partially supercoiled DNA molecule, which contains large interspersed repeats. Repeated genes of the bro family (baculovirus repeated open reading frame) have also been discovered. The study revealed also that ascovirus genome is methylated on cytosines positions, with DpAV-4a having the highest level of methylation reported for a DNA virus (76%). In a second part, phylogenetic analysis were done on ascovirus genome. The first phylogenetic analysis were base on 4 different genes : the genes of the DNA polymerase, of the major capside protein (MCP), of the thymidine kinase (TK), and of the ATPase III. All of them revealed that ascoviruses are closely related to iridoviruses, and also, to a less extent, to phycodnaviruses and asfarviruses. Moreover, two of them, TK and ATPase III genes, indicate that ascoviruses have evolved form invertebrate iridoviruses. This last observation is confirmed with other genes which are specifically present in this two viral families. Finally, other phylogenetic analyses were done to study the putative evolutionary relationship between Ascoviridae and ichnoviridae. The pylogenetic analysis done on the MCP gene provides evidence that proteins involved in the ichnovirus capsid are related to ascovirus capsid proteins, and likely have evolved from them. On the other hand, no other ichnoviral gene have a homologue in ascovirus or iridovirus genomes. This observation suggests that ichnovirus particles could be a viral capsid used by the wasp to transfert its own genes in its host.

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Informations

  • Détails : 184 f.
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. f. 174-182

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  • Bibliothèque : Université François Rabelais. Service commun de la documentation. Section Sciences-Pharmacie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS-2001-TOUR-4011 (1er ex.)
  • Bibliothèque : Université François Rabelais. Service commun de la documentation. Section Sciences-Pharmacie.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TS-2001-TOUR-4011 (2e ex.)
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