Étude de la structure et de l'évolution du génome d'Arabidopsis : Identification et analyse de duplications segmentaires des chromosomes

par Guillaume Blanc

Thèse de doctorat en Sciences de la vie. Spécialité développement et adaption des plantes

Sous la direction de Michel Delseny.

Soutenue en 0200

à Perpignan .


  • Résumé

    Dans le but de contribuer à une meilleure compréhension de la structure et de l'évolution du génome d'Arabidopsis, une exploration informatique de sa séquence génomique récemment disponible a été initiée. Nous avons notamment mené cette recherche en essayant d'identifier des mécanismes potentiels responsables de l'expansion des familles multigéniques dans ce génome. En prennant comme point de départ la localisation chromosomique des génes de familles de protéines ribosomiques cytoplasmiques, nous sommes parvenus à mettre en évidence l'existence de 2 paires de régions chromosomiques dupliquées. Une méthode simple de recherche de régions homéologues a alors été mise au point dans le but d'identifier les régions dupliquées de façon plus exahustive. L'approche utilisée nous a permis de mettre en évidence que 72% du génome d'Arabidopsis est impliqué dans des duplications segmentaires de chromosomes dans lesquelles environ 30% du contenu génique est conservé. Pour une majorité des régions homéologues, l'age de divergence a été estimé par une approche phylogénétique. L'obtention d'ages coalescents ainsi que les caractéristiques structurales des régions dupliquées indiquent qu'elles résultent d'un événement de tétraploi͏̈die. L'age de divergence entre les deux génomes ancestraux est estimé entre 20 et 39 million d'années. Une étude détaillée de l'extrémité du bras court du chromosome 1 nous a permis d'initier un travail de caractérisation de l'évolution des régions dupliquées. Les résultats obtenus montrent notamment qu'un phénomène majeur de la divergence des gènes paralogues est une différentiation du niveau ou du profil d'expression. En conclusion, nous discutons l'impact potentiel de cet événement de polyploi͏̈die sur la diversité génétique d'Arabidopsis et des espèces proches ainsi que sur la perspective de transférer les connaissances acquises pour accélérer l'identification de gènes d'intérêt chez les espèces d'intérêt agronomique.


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Informations

  • Détails : 131 p.
  • Notes : Thèse reproduite
  • Annexes : Bibliogr. p. 96-112.

Où se trouve cette thèse ?

  • Bibliothèque : Université Perpignan Via Domitia. Service commun de la documentation. Section Sciences.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : TH 2001 BLA
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