Analyse des transcrits dont l'expression est modulée au cours du cycle cellulaire de la lignée lymphomateuse de rat Nb2 : étude de trois protéines inconnues

par Christine Bole

Thèse de doctorat en Biochimie et biologie moléculaire, endocrinologie et interactions cellulaires

Sous la direction de Paul Kelly.

Soutenue en 2001

à Paris 11 , en partenariat avec Université de Paris-Sud. Faculté de médecine (Le Kremlin-Bicêtre, Val-de-Marne) (autre partenaire) .

Le président du jury était Micheline Misrahi.

Le jury était composé de Micheline Misrahi, François Hatey, Louis-Marie Houdebine, Guy Lenaers, Brigitte Bouchard.

Les rapporteurs étaient François Hatey, Louis-Marie Houdebine.


  • Résumé

    Les cellules lymphomateuses de rat Nb2-11C, dont la prolifération est dépendante de la prolactine, ont été utilisées pour étudier au niveau transcriptionnel les effets de la prolactine sur la prolifération cellulaire. Afin d'identifier des transcrits dont l'expression est modulée au cours du cycle cellulaire induit par la prolactine dans les cellules Nb2, cinq techniques d'analyse des transcrits différentiels ont été utilisées : 1- mRNA Differential Display, 2- Representationnal Difference Analysis (RDA), 3- Subtractive Suppressive Hybridization (SSH), 4- criblage différentiel d'une banque organisée et 5- analyse de gènes candidats faiblement exprimés. Ces différentes techniques, appliquées à différentes phases du cycle cellulaire de la lignée Nb2, ont permis de mettre en évidence environ 70 transcrits différentiels. Les variations d'expression de ces transcrits au cours du cycle des cellules Nb2 ont également été évaluées par Northem blot. Les transcrits différentiels obtenus à partir des cellules Nb2 ont été comparés avec ceux d'autres modèles eucaryotes effectuant une prolifération synchrone et classés selon des critères tels que leur cinétique d'expression et la fonction des protéines correspondantes. Cette classification, nous a permis d'identifier de nouvelles molécules de signalisation susceptibles d'intervenir dans la survie et la régulation de la prolifération des cellules Nb2-11C. De plus, des anomalies d'expression de gènes impliqués dans la survie et le cycle cellulaire ont été décelées. Notamment, une expression constitutive de l'« immediate early gene)) EGR-1 est observée dans les cellules Nb2. Ainsi, ces différentes comparaisons ont permis de collecter toute une série d'informations qui constituent autant de nouvelles pistes de recherche. Parallèlement, nous nous sommes également efforcés d'attribuer une fonction à trois nouvelles protéines dont les ADNe ont été isolés grâce à ces analyses des transcrits différentiels. En combinant prédictions de structure et données d'expression, obtenues expérimentalement et par analyse bio­informatique, des renseignements informatifs sur la fonction de chacune de ces trois protéines ont permis de rattacher chacune d'elles à un processus biologique particulier. Ainsi, la première est une cystéine protéase, bâptisée depuis cathepsine W/lymphopaïne, qui interviendrait dans les mécanismes de cytotoxicité alors que les deux autres seraient des facteurs de transcription régulant la prolifération cellulaire. ZNF207/Zep comporte un domaine de liaison à l'ADN à doigts de zinc de type C2H2 alors que celui de la protéine que nous avons appelée E-Myb est constitué de 3 répétitions de type « Myb­like ». En outre, une analyse critique des techniques actuelles d'analyse des transcrits différentiels est proposée. Nous avons également insisté sur les potentialités offertes par la bio-informatique pour ces analyses d'expression différentielle ainsi que pour la détermination des fonctions des protéines.


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Informations

  • Détails : 1 vol. (118 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 78-118

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