Stabilite et dynamique des triples helices homopurines et de l'integrase du vih-1 etudiees par modelisation moleculaire

par CYRIL LABOULAIS

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de MARC LE BRET.

Soutenue en 2001

à PARIS 11, ORSAY .

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  • Résumé

    Au cours de ce travail de these, differentes approches de modelisation moleculaire ont ete utilisees afin d'etudier la stabilite et la dynamique de macromolecules biologiques d'interet pharmaceutique. Dans un premier temps, la stabilite des triples helices homopurines et l'effet des ions mg 2 + sur ces structures ont ete etudies. Pour cela, un programme monte carlo a pas variable a ete developpe afin de simuler une atmosphere d'ions nacl et mgcl 2 autour de 3 triples helices (13-mer) dont les sequences et la proportion relative de guanines et d'adenines sont differentes. J'ai montre que la stabilite de ces complexes depend essentiellement de la sequence du troisieme brin : plus les guanines sont nombreuses et regroupees, plus le complexe est stable. Cet effet a ete relie a la presence d'ion mg 2 + sur le n7 des guanines du troisieme brin. Dans un second temps, pour permettre la rationalisation du developpement de nouveaux inhibiteurs de l'integrase du vih-1, le mode d'action de composes styryl quinoleines a ete aborde. Un programme de docking moleculaire reposant sur la digitalisation des partenaires et sur la minimisation de l'energie d'interaction entre l'inhibiteur et sa cible a alors ete ecrit. Ce travail a permis de mettre en evidence une interaction directe de ces inhibiteurs avec le site actif de l'integrase. Selon l'inhibiteur, deux types d'orientations (perpendiculaires l'une par rapport a l'autre) ont ete mises en evidence. Enfin, pour faciliter l'interpretation des experiences de fluorescence sur les macromolecules, la simulation des declins d'intensite et d'anisotropie de fluorescence d'une proteine a partir de dynamiques moleculaires a ete envisagee. Un programme a ete realise et applique a la dynamique du corps catalytique de l'integrase du vih-1. Les declins simules obtenus sont tres proches des declins experimentaux. Nos resultats permettent d'envisager l'etude de systemes plus complexes tels que l'integrase entiere.


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Informations

  • Détails : 199 p.
  • Annexes : 227 ref.

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